早就在阿飞赶来晓组织基地之前，长门与小南就暗自准备杀死他，不过却被隐藏的黑白绝察觉了他们的计划。
阿飞，也就是长门口中的宇智波斑，没等小南入场，便率先发难。他此行并非独身一人前来，干柿鬼鲛早早就在外面等着小南。
他迅速结印，低声道：“火遁·豪火灭却！”
一道滔天火浪向长门袭来。
长门伸出双手，利用轮回眼的力量将火焰吸收得一干二净。
他将双手对向阿飞，说道：“万象天引！”
阿飞在吸引力的作用下脱离地面，被迅速吸往长门所在的方向。
长门手持黑棒，等待阿飞自投罗网。就在长门手中的黑棒即将刺中阿飞身体，阿飞及时利用神威之术，摆脱了危机。
趁着近身的功夫，阿飞依次结出巳—子—辰—戌—寅印，道：“木遁·默杀缚之术！”
他的身体伸展出数根藤蔓，要将长门束缚住。一旦对方被藤蔓束缚住，此人将完全无法动弹，只能保持沉默，任由别人宰杀。
长门自然不可能束手就擒，他用双手抵住藤蔓，将其中的查克拉吸收走。很快藤蔓就失去了活力，那些已经束缚住自己的藤蔓被他轻轻一用力，就挣脱开了。
阿飞继续结子-辰-卯-寅印，道：“水遁·水龙弹！”
他从口中吐出一条水流，水流所形成的水龙从上而下冲击向长门。
长门依旧保持着吸收查克拉的姿势，只要是忍术，就都会被他这一招给克制住。
阿飞见此，觉得没有必要再试探下去了，他打开自己的万花筒写轮眼，利用神威之术迅速靠近长门。
长门一直就在提防着阿飞这一招，眼见阿飞靠近自己，长门连续射出数百根黑棒，尽量消耗他虚化的时间。
阿飞预判了这一点，他任由黑棒将自己击穿，丝毫不改变自己的行动路线，以最快的速度接近长门。
就在虚化即将结束的时候，阿飞已经来到长门的跟前，持手里剑挥向着长门的脖颈处。
就在这种危机关头，长门丝毫不乱，右手持黑棒格挡，左手对着阿飞，道：“结束了，宇智波斑！神罗天征！”
一道可怕的斥力将阿飞弹飞，狠狠地撞在墙壁上，恰好有一根突出的木桩将其刺穿。阿飞无力地挣扎着，渐渐地失去了呼吸。
长门见对方终于被自己杀死，长长地舒了一口气。
下一刻，他感觉自己胸口一疼，低头看去，一根黑棒将自己穿胸而过，血液立刻喷溅了出来。
长门回头看向阿飞，喃喃道：“怎么可能？”
阿飞冷笑道：“当年在给你移植这双眼睛的时候，就考虑到今日之战。为此，我特意在轮回眼里转写了一道幻术，就是为了在关键时刻起作用。所以刚才你所看到的杀死我的景象也只是幻影罢了！”
长门刚要说些什么，却忍不住吐出一口血。
他感觉自己的身体正迅速失去力量，一切似乎已经无法挽回。弥留之际，他想到了弥彦、小南以及被自己杀死的自来也老师。
长门双手一合，使用出最后的力量，道：“封印·地爆天星！”
一颗黑色珠子从他的掌心飞出，迅速升到半空。它爆发出强大的吸引力，将高塔吸到半空，位于高塔顶楼的长门和阿飞也被一同吸引向那个核心。
然而，高塔刚升到一半，后继无力，便开始向下方坠落。
长门到底还是没坚持到最后，溘然长逝了。
施术者死亡，黑球也崩碎了，化作飞灰，这个术自然而然也就中断了，没有发挥出那可怕的威力来。
高塔即将坠地，死去的长门以及这里的一切也都将会被埋葬。
阿飞自然不会任由轮回眼被埋葬，他利用神威之术来到长门身边，将两颗轮回眼抠出，装在盐水瓶里。
此时，小南拖着受伤的身体飞进高塔，眼睁睁地看着阿飞取出长门的眼睛，却来不及阻止。
小南悲愤欲绝，她挥手操控着数百张起爆符，一同袭向阿飞。
阿飞不想和这个女人多做纠缠，他刚刚已经损失了一只写轮眼，战力大损，便利用神威迅速从这个地方离开了。
即使如此，还是有部分起爆符紧紧依附在阿飞的身体上，随着他的离开，也一同消失在原地。
小南来不及启动起爆符，只能任由对方离去。她飞到长门身边，跪倒在地上，嚎啕大哭起来。无力感、绝望和仇恨同时涌向心头。
在高塔坠地的前一刻，她抱起长门的尸体，飞跃到半空中。她想过死，不过那股仇恨支撑着她继续苟活下去。
小南将两位同伴埋葬在一起，随后施展出式纸之舞，振翅高飞。她飞向的方位正是火之国木叶村。为了报仇，她只能求助于昔日的敌人，就算自己最后被审判，也是值得的。
与此同时，纲手等人已经准备三天后出发前往铁之国，出席即将到来的五影会谈。随行的有卡卡西、迈特戴以及日向宁次。
小纲手、漩涡水户以及千手唯的木分身则继续探索忍界，找寻本体留下来的信息。
然而，小南的到来打破了纲手原有的计划，她只得将出发时间往后推迟。
这天，天色阴沉，乌云遮天，似乎随时就能降下瓢泼大雨。
纲手在火影办公室接待了小南，在场的还有大蛇丸以及静音。
纲手表情严肃地问道：“小南，我听大蛇丸说过你，你这次来木叶是有什么目的？”
小南直言道：“我想加入你们一方，对抗宇智波斑！”
纲手问道：“你们与宇智波斑决裂了？”
小南点了点头，沉默了一会儿，说：“长门被宇智波斑杀死，轮回眼也被取走了。”
纲手眉头一皱，看了小南一眼，说道：“自来也是你们杀死的，你让我如何相信你。”
提到自来也，小南眼神变得有些复杂，她看向窗外，乌云压得她有些喘不过气来，一只飞鸟从低空飞过，似乎与族群分散，变得形单影只。
她语气平缓地说：“对自来也老师的死，我感到遗憾。为了和平，有些人的牺牲无可避免的。等我杀掉了宇智波斑，为长门和弥彦报完仇之后，要杀要剐也随你们。”
纲手气愤地拍了一下桌子，说道：“他可是你们的老师。你们真的能这么绝情？”
小南淡淡地看了大蛇丸一眼，没再说什么。
大蛇丸双手一摊，笑道：“呵呵，如你所见，我如今在木叶赎罪！”
纲手无语地看着眼前这两个“弑师者”，感到有些头疼。她想到了鸣人，根据深作仙人的估计，再有不到半个月的时间，鸣人就能修行成功，到时候他一定不会善罢甘休，说不得还要和小南大打出手。
纲手咬着指甲，思索了许久，说道：“小南，暂时你先和大蛇丸待在一起，没有我的命令，你不得出来。至于鸣人那边，我会和他解释的。好了，大蛇丸，你带着她离开吧！”
小南听到这话后，点了点头，一声不吭地跟着大蛇丸离开了。
在回研究所的路上，小南问道：“大蛇丸，你为什么会回木叶？这里还有你觊觎的东西吗？”
大蛇丸说：“以前首领不是喜欢自诩为神么，说出来你可能不信，我确确实实见到了神，那无比可怕的力量让我沉迷。虚度了这么多年，我终于找到了方向。”
他的声音沙哑而低沉，有一种独特的魅力。
小南冷冷地看着大蛇丸，说道：“你说的‘神’是谁？千手唯？”
大蛇丸呵呵一笑，说道：“是，也不是！”
小南没深究下去，她向来感觉大蛇丸这个人太反常，实在是不好打交道。要不是纲手直言让她被大蛇丸监管着，她一定不会主动选择和这个怪人待在一起，即使对方是自己曾经的队友。
纲手在解决了小南的问题之后，就带着自己的护卫队出发了。
然而，在她离开没多久，鸣人就从妙木山回来了。
鸣人此前早就完成了仙术的修行，之后便一直在开发新术。一完成新术，他便返回到木叶村。
刚回来，他便去找纲手婆婆，想要问问佐助最新的消息。
在半路上，鸣人遇到了自己的老师伊鲁卡。
伊鲁卡难得见鸣人一面，见时间接近中午了，天色阴沉寒冷，便提出一起去一乐那里吃拉面，暖暖身子。
手打见两位熟客到来，面给他们上了双份，还额外免费赠送一份小菜。
鸣人自然是开心极了，看到眼前丰盛的拉面，他食指大动，迫不及待开吃起来。妙木山的虫子宴实在是让鸣人有些反胃。
伊鲁卡看到鸣人胡吃海塞的样子，便主动将碗里的拉面分一半给鸣人。
他忍不住说道：“鸣人，慢点儿吃，要是不够，还可以点。”
鸣人吞下口中的面，说道：“谢谢你，伊鲁卡老师，我这些足够了，在妙木山吃了太多的虫子，舌头都要麻了。”
伊鲁卡问道：“那你应该已经修行成功了吧？”
鸣人点了点头。
伊鲁卡感叹道：“要是自来也前辈知道的话，一定会为你高兴的。”
鸣人笑道：“好色仙人一定不会想到，我不仅学会了仙术，还开发了一个杀手锏。”
伊鲁卡没多说什么，看鸣人的表情，他也反应了过来，鸣人此时还不知道自来也战死的消息。
没过一会儿，一海碗的拉面被鸣人吃得一干二净，伊鲁卡那半碗才刚刚见底。
鸣人抚摸着肚子，叹一口气，说道：“还是这里的拉面好吃啊！”
伊鲁卡问道：“鸣人，你等会儿有什么打算？火影大人去铁之国参加五影会谈去了，卡卡西前辈也跟着去了。”
鸣人想了想，说道：“我还是先回家看看吧。那我先走了，伊鲁卡老师。”
伊鲁卡与鸣人告别，看着他的背影，伊鲁卡犹豫了许久，最后只是发出一声叹息。
鸣人一路小跑回自己的家。
他打开门，并没有见到想象中的狼藉不堪的景象，他的房间反倒是被人收拾得一干二净，一尘不染。
就在此时，从楼下传来脚步声。鸣人探头出去一看，原来是小樱和雏田。
他向下对两人挥手，说：“好久不见啦，小樱，雏田！”
两人听到声音，抬头看去，原来是鸣人。
小樱高兴地说道：“鸣人，你回来啦，这样我们七班就齐了。”
雏田则有些怯怯懦懦，慌忙低下了头，不敢去看向鸣人。
鸣人说道：“小樱，七班本来不就是齐的么，不然纲手婆婆也不会让我们出去执行任务啊！”
小樱哈哈大笑道：“你这个笨蛋，我说得是以前的那个七班，你知道么，佐助他回来啦！”
鸣人愣了一下，随即纵身一跃，来到小樱的跟前，兴奋地问道：“佐助回来了？他在哪里？”
“在他自己家，你要去的话，最好去附近的训练场看看。”
“那我先走啦，小樱，雏田！”
鸣人一溜烟跑向宇智波的族地，很快身影就消失了。
他来到佐助家，见屋门紧闭，知道佐助此时一定在训练，随即转道向训练场跑去。
他一口气连续找了十来个训练场，最后还是在他们当初下忍考核的地方找到了佐助。
佐助此时穿着一身宽松的纯白和服、深蓝色裤子。和服背面是小型的一族族徽，深灰护臂覆盖他的前臂一直延伸至手掌，腰间布上系着紫色绳腰带，并插着一把草薙剑。
鸣人兴奋地喊道：“佐助！”
佐助转过身来，看到了正向这里赶来的鸣人。
鸣人走到佐助跟前，笑道：“佐助，好久不见啊！你终于愿意回来了。”
佐助没有立即搭话，反倒直接拔出了草雉剑，说道：“鸣人，让我看看你这些日子里到底成长了多少！”
鸣人道：“别这样，佐助，我们才刚刚见面，又要打么？”
佐助没有为难鸣人，将剑插回剑鞘，缓缓往回走。
鸣人赶紧跟上，高兴地说：“佐助，你总算回来了，我们七班这次可就聚齐了。”
佐助淡淡地说道：“鸣人，你太幼稚了，我们再也回不去了。”
鸣人不解道：“佐助，你为什么这么说？难道你还要离开木叶？”
佐助问道：“你现在能控制住你体内那个怪物吗？”
鸣人摸了摸自己的肚子，笑道：“我和它还没处好关系，不过我相信终有一天它会愿意接纳我的。”
佐助问道：“鸣人，你为什么会一直坚持要把我带回木叶？”
鸣人挠挠头，想了一会儿，最后说道：“因为你是我的伙伴啊！”
一道雷光撕裂云层，照亮半边天空，不一会儿就传来震耳欲聋的雷鸣声。天空开始落雨，最开始只是芝麻大小的雨滴，很快就变成了瓢泼大雨。
鸣人和佐助之间隔了几步距离，雨水冲刷着他们的身体，遮挡住他们的视线，让他们看不清彼此的眼神。
佐助说道：“鸣人，日后如果你陷入黑暗之中，我也会救你一次！……”
鸣人有些不解佐助话里的意思，雷声轰鸣之下，佐助后面的话他也就没听清。
鸣人问道：“佐助，你后面说的是什么？我没听清。”
佐助来到鸣人的跟前，说道：“我刚刚说的是：自来也战死，而始作俑者就在木叶，知道这一点的你，会如何呢？会不会也像我一样化身复仇者呢？！”
鸣人的脑袋有些发蒙，他清楚地记得佐助告诉他好色仙人战死的消息，可是内心里他居然下意识地以为佐助在开玩笑。
他瘫坐在泥水里，喃喃道：“好色仙人战死了？”
他的身上开始溢出九尾查克拉，而本人却不自知。佐助的心里产生了不好的预感。