就这样随着大蛇丸的加入，幸树关于六道方面的实验得到了大力的发展。
七年的时间里，在和大蛇丸的联手下，他们一起改良了血统进化药剂，已经做到能完美的让一个本来没有血继限界的普通人真正的觉醒血继，而且血继的威力不比天生的血继限界者差，并且血继进化药剂对本来就拥有血继的忍者提升更大，但就算这样，也还是没能达到幸树所期望的，凭借血迹药剂来达到六道级的地步。
在意识到靠着血继药剂无法完成目标之后，幸树继续苦心专研阴阳遁术，希望能在阴阳遁术上得到启发。
而在幸树联合大蛇丸进行研究的这几年时间。
忍界里暗流涌动，被光组织的人击败后，长门就正式开始抓捕尾兽的计划，为了节省时间，他吸纳了原着中的蝎，飞段，迪达拉，鬼鲛等强者帮他一起。
而在这么多的强者联合行动下，他们先后顺利的将一尾，二尾，三尾，四尾，五尾，六尾，七尾全部收入外道魔像之中，但是在抓捕八尾的时候动静太大，终于还是被云隐村发现。一番交战之后，云隐村被毁了一半，却还是欧保下了八尾。
也正是这一战，让整个忍界意识到原来忍界中居然有这么一个已经收集了除了九尾之外的八只尾兽的危险组织。面对晓组织的威胁，忍界中的各大忍村不得不召开五影大会，在五影大会上，五个忍村联合组成了讨伐晓组织的忍界联军，而保留着最后一只尾兽的火影波风水门成为了忍界联军的队长。
晓组织这边因为消息暴露之后，也有所反抗，比如作为卧底的带土就曾经希望刺杀长门，以此来消弭战火，但是他失败了，败在了长门的轮回眼之下。
在战败过后，带土将晓组织与轮回眼的真相以及斑的阴谋都一一吐露，希望能让长门回心转意。但是让他惊讶的是，长门居然无动于衷，这让他意识到长门绝对出现了问题。但很可惜，他没有时间探查。
正当他要被长门处决之时，长门的从小到大的好友弥彦和小南出现，救走了带土。然后将长门的变化告知带土。原来长门在尾兽任务收集一般的时候，跟自来也聊过一段时间。
之后就准备放弃尾兽收集的任务，但是谁都没想到，一直不显山露水的绝突然袭击了长门，并控制了长门的身体和轮回眼。这让带土大吃一惊，因为在带土看来，绝除了情报方面的能力与斑的意志之外，并没有其他特殊的之处啊。
到了后面才了解到，原来因为带土他多次回到木叶，引起了黑绝的注意，之后在一次意外的情况中，黑绝发现了野原琳并没有死，这让黑绝瞬间怀疑带土的身份，然后经过多次监视后发现，带土确实背叛了他。
又遇到长门要终止计划，这让等了上千年的黑绝终于忍不住了，开始亲自执行计划，所以就有了之后的事件。
由于带土和弥彦小南的逃脱，让黑绝意识到斑的计划已经无法隐藏，于是，也就不再隐瞒，开始大张旗鼓的的行动起来。他先是启用了一直待命着的十万白绝大军，然后因为忌惮一直没有动静的光组织，用秽土转生之术召唤了忍界中赫赫有名的强者。一方面抵挡忍界联军中的高端战力，一方面又在防备着可能出现的光组织。
就这样，在黑绝的操控下，长门联合秽土转生出来的强者跟忍界联军厮杀在了一起，但因为有了堪比忍界之神的幸树存在，虽然战斗十分艰难，局势却往好的方面发展。
忍界联军在幸树的帮助下封印了不少秽土转生出来的强者。见到战况不妙之后，黑绝终于将自己的底牌秽土斑亮了出来。而秽土斑出来之后，也确实起到了立竿见影的效果，直接挡住了忍界联军的进攻。
作为忍界联军的主力，幸树见到宇智波斑出来之后，也是立马跟其交手了起来。但让人震惊的是，只是交手几个回合，幸树居然战死在斑的手下。但是很快发现，死去的幸树只是他的木遁分身，真正的幸树还在楼兰的基地内进行最后一步的六道实验。
由于没有了幸树这个强援，忍界联军的局势瞬间落入下风，但好在还有自来也波风水门纲手以及大野木，艾等一种强者在，勉强还是维持不败。但五影们清楚，如果还没有帮手，他们就真的要输了这场关乎忍界命运的战争了。
这时，养好伤的带土出现，提议去寻找幸树以及光组织，然后就将光组织曾经击败过斑的情报说了出来。这个消息无疑是给忍界联军打了一针强心剂，立马就派人搜寻光组织痕迹。
但光组织隐藏的太深，联军的人根本没有找到任何线索，正当忍界联军的人焦急之时，时任楼兰女王的萨拉告知了联军们光组织隐藏在楼兰的消息。得到了情报之后，联军的人立马赶往楼兰。
另一边，宇智波斑也得知联军的人寻找光组织的消息，初时，斑还一点也不在意，虽然他被光组织的人击败过，但那是在他年老体衰的时候，根本不算数。不过之后听黑绝说光组织的人居然跟他一样得到了轮回眼，瞬间就对光组织重视了起来。
然后命令黑绝操控长门用轮回眼的轮回天生之术将其复活。复活后的斑夺回了自己的眼睛，因为不知道光组织的具体实力，处于谨慎的考虑之下，斑决定还是先吸收得到八只尾兽补充的十尾。而吸收完十尾的宇智波斑果然实力大增，凭借着十尾达到六道级的他轻松的击杀诸多忍者。
为了抵挡肆虐的斑，联军中出现了两个浑身绿光的体术忍者，一个叫迈特戴，一个叫迈特凯。这父子俩凭借着惊人的意志开启了禁书-八门遁甲中最后一门，死门。在忍界的所有忍者面前展示了何为青春，何为火之意志。
父子俩全身散发着血红色的查克拉联手给与宇智波斑自复活一来最为强大的伤害。但很可惜，体术强归强，也确实将斑打的半死，甚至让骄傲的斑对他们说出了体术最强的评价，但这样的伤害对于成为六道之后的斑并不是无法承受。
在忍界联军绝望的目光中，斑凭借着六道的特性重新恢复最强战力，这一幕让忍界联军无比绝望。
另一边，在萨拉的带领下，联军的人终于来到了光组织的根据地，一进到光组织，他们就看到了消失已久的人物大蛇丸和幸树都在这里。经过大蛇丸的介绍之后，他们才恍然大悟，原来整个光组织都是幸树一个人。但他们没有过多惊讶，直接将战场上的情况跟幸树说明，希望幸树能现在就前往战场支援。
但幸树拒绝了，因为他清楚，还没有成为六道的他不是已经成为六道斑的对手。另一方面，他的六道之路已经进行了最后一步，正是最后这一步让他无法离开。他在忍界大战的这一段时间里，结合分身的查克拉属性以及自己对阴阳属性的掌控，成功将七种查克拉属性结为一体，得到了一种类似于查克拉果实的查克拉种子。得到了这个种子之后，幸树确实得到了他想要的变化，那就是身体出现六道级的特性，比如求道玉。
但幸树发现，他虽然已经达到了六道的境界，却并没有相对应的六道级别的力量。后面反应过来，种子终究也只是种子，想要成长结果必须要有庞大的自然能量催生。就像辉夜想要回收忍界的查克拉一样，只有量与质想匹配，才是真正的六道级。
不过好在，当初选择楼兰作为基地的时候就是看重楼兰有着庞大的能源-龙脉。有了号称无限能源的龙脉查克拉支持，相信能帮他完成量的积累。
因此，为了真正拥有六道的力量，幸树这一段时间都在努力吸收着龙脉的查克拉。
听完幸树的解释，过来求援的忍者联军也没办法了，因为他们也清楚，只有让幸树踏出那一步才有匹敌斑的可能，于是也就在等待着幸树的最终一跃。
而在幸树的最终一跃进行之时，正面战场上，忍界联军的影们全部惨败，还无反抗之力，不过因为斑的理想是实现无限月读，所以也没有赶尽杀绝，而是无视了忍界联军，正式发动了无限月读之术。
随着无限月读之术的展开，被光芒照射的忍者全部陷入了深层次的美梦之中。可以说，宇智波斑的计划真的成功了。但正当斑以为自己实现了多年来的夙愿，超越千手柱间之后，真正的黑手出现了。一直站在斑身后的黑绝，给斑来了一记黑虎掏心，将斑重创。然后立马开始释放被大筒木羽衣所囚的查克拉始祖，大筒木辉夜。
面对不甘心的斑，黑绝讲出了自己是真正的身份其实是辉夜的意识，斑只是他手中的一个棋子罢了。
就连宇智波族内的六道石碑也是被他修改，目的就是为了引导斑走上他所计划好的道路。唯一让他意外的是光组织的出现，但是幸运的是，哪怕到最后光组织也依旧没有出现，让他成功将辉夜救出。
正当黑绝鸣鸣得意之时，一只没有出现的光组织出现了，或者说光组织的首领出现了。
这个姗姗来迟的正是已经成功实现终极一跃的幸树。
此时的幸树身穿六道专属衣袍出现在黑绝面前，他的眼睛是轮回眼，手持六道锡杖，背后漂浮着九颗求道玉，跟大筒木羽衣的装扮非常相似。
而这样的扮相，一下子让重新出现在人间的大筒木辉夜泪流满面，她在幸树的身上看到了自己孩子的身影。但是紧接着又是怒火熊熊，因为她也同时想起，自己被爱着的孩子封印的事实。
于是乎，大筒木辉夜跟幸树战斗在一起，只是跟幸树这样身经百战的忍者相比，大筒木辉夜的战斗经验太差，完全是凭借六道强大的破坏力对敌而已。
所以，没用多大的功夫，幸树成功击败了大筒木辉夜，正当幸树想着如何彻底解决大筒木辉夜之时，六道仙人大筒木羽衣出现了。见到大筒木羽衣的瞬间，幸树的心中满是敌意，因为他一直怀疑大筒木羽衣是忍界一切的操控者。
但大筒木羽衣之后的一番话推到了他的猜测。只见大筒木羽衣将自己一直注视着幸树，观察着幸树所作所为的事情说了出来，还表示当初幸树在人体实验之下成功复活也有他的功劳。
之后，大筒木羽衣表示现在幸树已经成为了跟他一样的仙人，世界上再也没有了威胁，希望幸树能放了辉夜，重新封印辉夜，作为交换，他会复活这次战争中的人，以后不再对忍界进行干涉，也不再安排阿修罗和因陀罗进行转生。
这样的条件好是好，不过幸树认为，就这样根本无法消除辉夜的威胁，一旦有野心家收集尾兽，依旧会让辉夜再次降临。
所以最好的办法就是让封印辉夜的力量，让她成为一个普通人在忍界生活，让辉夜像个正常人一样寻找羁绊。
只要辉夜认识到忍界的美好，寻找羁绊之后，就不会有毁灭忍界的想法了。
觉得幸树说的有道理的大筒木羽衣最终同意了幸树的意见。
于是乎，幸树用六道级的封术印封印了辉夜的力量，剥离了辉夜身上的尾兽和宇智波斑，只给他们留下了最基本的自保之力，就放了他们。
终于，解决完宇智波斑带来的战争之后，忍界进入了新的篇章。幸树也着手复活了自己曾经的同伴和老师，完成了自己最初的愿望。
为了实现和平，五大国的制度在幸树的提议下消失，却而代之的是一个全新的帝国。
全新的帝国不再将忍者当做战斗的工具，也不再是将忍术当做杀死敌人的手段，而是作为民生发展的利器。忍界的人民也得益于忍术用于民生的策略变的富饶，真正实现了忍界的和平发展。