永禄十一年（1568年）6月，足利义昭辞别朝仓义景，25日到达岐阜，居于立政寺。在义昭遍邀豪族，共襄盛举的同时，信长也紧锣密鼓地筹备上洛之事，9月7日，信长率领尾张、美浓、北伊势再加上三河德川家康派遣的援军，共计6万大军奔赴京都，途中浅井长政也领军加入。织田信长挟足利义昭入主京都的第二年（1569年），二者的矛盾就从一封文书暴露了出来。“信长于正月十四日制订幕府殿中规定。
第一条，将军近侍的体制如前；第二条，幕府需通过武家传奏奏请朝廷；第三条，规定守卫的配置；第四条，幕臣不得居住于皇宫侧近；第五条，不得将政务上奏天皇；第六条，应尽量听取奉行人的意见；第七条，处理政务的日子，依循旧例；第八条，未经申请，奉行人不得面见将军；第九条，不得召见诸寺主持、坊官、僧兵、医师。即使步卒、乐师，接到将军诏命后亦不得擅自觐见，应静待安排。”
第二条，这一由信长制订并署名，表面上经过足利义昭同意，针对幕府行动的规范，极大缩小了将军的行动空间，“在向天下昭示义昭的幕府不过是傀儡政权的同时，也显示出（作为中央政府的）织田政权实质上是与义昭的幕府同时建立的。” 2月，信长还调集尾张、美浓、伊势、近江、伊贺、若狭、山城、丹波、河内、和泉、摄津十一国人夫，耗时70日修建二条城作为将军居所，但此举与其说是出于对义昭尊严的维护，莫如说是为了夸示信长的威势。
元龟元年（1570年），信长对义昭制订5条规定，迫其承认，内容如下：第一，将军向诸大名发出的书状，必须附有信长的副状。第二，此前将军的一切命令均作废，重新议定。第三，封赏臣下时，若将军无地可赏，可取信长领地予之。第四，天下之事悉数由信长处理，可对诸侯进行征伐，不必过问将军。第五，如今正值平定天下之际，将军应尽心仕奉朝廷。
如此一来，以合乎法理的形式，信长一举夺取了足利义昭作为将军的所有权力，成功将“天下之事”收归掌中，但也自此与足利义昭的矛盾愈发不可调和。
天正元年（1573年），织田信长流放将军足利义昭后，织田政权完全独立，并作为统一的中央政权开始成长，信长终于将“一元支配权”命名为“一职支配”，并以此为核心，组织不断扩大的领地和家臣团，其对武士统治的意义不下于源赖朝草创武家政治和足利尊氏设置守护大名。
天正元年（1573年）7月10日，在织田信长授予细川藤孝的朱印状中提到，“山城国之内，桂川以西之事，交由汝一职处置。”同年8月2日，细川藤孝致书东寺，“此次信长授予桂川以西之地，上久世、上野两庄园仍属贵寺八幡宫领地，不可混淆。贵寺所纳钱粮遵循旧例，不得有违。”将一个地区中重重叠叠的统治权经过整合形成“一元支配权”，以一国或者一郡为单位赋予家臣，在织田政权中，获得该地所有职权的家臣被称为“一职所有”，而其所持的权力，便是“一职支配”。同年9月，织田信长将灭亡的浅井家旧领第赐予羽柴秀吉，“江北浅井家旧领由羽柴筑前守秀吉一职处置，授予朱印状。”在荒木村重统领摄津一国时，褒奖其“在本年与将军作战时，克尽忠节。在此授予摄津国一职支配。”其实，早在元龟年间，佐久间信盛统治近江野洲、栗太两郡，明智光秀统治志贺郡时，其所辖边境划分就极为严明，并将当地豪族进藤氏的势力完全按所在地切分给佐久间、明智。“一职支配”的授予，并不意味着信长失去了对封臣领内的控制，只与信长之间存在主从关系。
织田信长对朝廷政策的考虑有两种完全相反的假说，其一说是“信长视朝廷为天下布武的障碍并考虑废除朝廷”，另一说是“信长为实施自己的政策而有效利用朝廷的权威以使其正当化、至少在本能寺之变前，信长跟朝廷的关系都比日后的丰臣秀吉、德川家康还要密切。”在此称前者为“轻视说”，称后者为“尊重说”。之所以对织田信长与朝廷之间的事情有如此分歧的解释，原因在于本能寺之变中有一说是朝廷参与除去信长，以及残存史料并不完整的缘故。据“轻视说”，织田信长对朝廷的政策是出钱也出口，并想要拥立一个听从自己的话、像傀儡一般的天皇。天正元年（1573年）开始就对正亲町天皇提出让位的要求。但正亲町天皇是老练的天皇，并非是个对织田信长言听计从的人物，加上当时织田信长在各地的强敌环伺，天皇拒绝后即明快地不再要求。天正九年（1581年）的京都军马演练，除了展现织田军的军事实力外，也可说是对正亲町天皇的施压。
据“尊重说”，希望让位的反倒是正亲町天皇。在当时若只凭天皇个人的意思并无法让位，从天皇让位后到新天皇就任等诸种仪式、营建原本天皇退位后的居所，以及为此而准备的移转费用（天皇退位后的居所称为仙洞御所，通常比京都中心的居所还需要更大的土地，包括移转周围公家的房子、寺院等）等一一完成，才有可能实现。也就是说能让天皇让位者，必须负担庞大的经费。而于天正年间能做到此事的人只有信长，反过来说即使天皇希望让位给织田信长，只要织田信长不同意，让位是不可能的。
天正九年（1581年）的京都军马演练后，正亲町天皇向信长传达希望退位之意，根据朝廷内部资料的《御汤殿上日记》中记载到同年3月24日若让位一旦决定则“可喜可贺”，而《兼见卿记》则记载于4月1日转为中止。