宣政院，初名总制院，是中国元朝时期设立的一个直属中央政府管辖的国家机构，负责掌管全国佛教事宜并统辖吐蕃（今西藏）地区的军政事务。
至元元年（1264年）元世祖忽必烈下诏设立总制院，院使秩正二品，由当时的元朝帝师八思巴兼领，并设有院使、同知、副使等官员，下辖吐蕃地区各级地方行政机构，包括宣慰司、安抚司、招讨司、万户府、元帅府等。当时全国藏区被划分为三个宣慰使司都元帅府（即吐蕃等处、吐蕃等路、乌思藏纳里速古鲁孙等三路），均受总制院管辖。到了至元二十五年（1288年），尚书省右丞相兼总制院使桑哥认为总制院责任重大，故向忽必烈奏请根据唐朝在宣政殿接待吐蕃使臣之例而更名为宣政院，由帝师兼领，被批准，而且院使升从一品，与中书省、尚书省、枢密院、御史台并列。
根据元朝的规定，对于全国各省佛教和吐蕃地区的一般性事务可设行宣政院驻当地处理，如遇重大军事则由宣政院与枢密院联合负责处理。他们凡是对汉地佛教有利的也做。
元朝掌管全国佛教事务并统辖吐蕃地区的中央机构。初名总制院，于至元元年（1264）设立，以国师八思巴领之。二十五年，尚书右丞相兼总制院使桑哥，以总制院统领吐蕃各宣慰司军民财谷，责任甚重，宜加崇异，奏请用唐朝皇帝在宣政殿接见吐蕃使臣的故典，改名为宣政院，秩从一品，用三台银印。以帝师领院事。置院使二员（后增至十员），其为长者常以朝廷大臣担任，位居第二者由帝师推荐僧人担任。宣政院官属得自选用，与中书省、枢密院、御史台并为元朝四个独立的任官系统。
灭宋后，即置江南释教都总统；至元二十八年，又分设行宣政院于杭州，掌江南各省佛教，其后曾两度废而复置。吐蕃发生变乱，亦设行宣政院前往当地处置，唯重大军事行动需与枢密院商议。诸路、府、州、县置僧录司、僧正司、都纲司，为宣政院下属地方机构，管理各地佛寺、僧徒。
至大四年（1311），罢僧录等司，凡僧人词讼皆归管民官决断。至顺二年（1331），复于各省置广教总管府十六所，掌管僧尼政事，由宣政院选僧俗官任达鲁花赤、总管等职。
元统二年（1334）罢。宣政院所辖吐蕃之地，分设三道宣慰司：吐蕃等处宣慰司都元帅府（又称朵思麻宣慰司）、吐蕃等路宣慰司都元帅府（又称朵甘思宣慰司）、乌思藏纳里速古鲁孙三路宣慰司都元帅府（又称乌思藏宣慰司）。宣慰司下辖安抚司、招讨司、宣抚司和元帅府、万户府等。自宣慰使都元帅至万户等各级官员多以当地僧俗首领担任，由帝师或宣政院荐举，朝廷授职。
元代特别重视宗教，对于佛寺大加保护，特设总管机构“大禧宗禋院”，有院使、副使等官。所属各大寺院设总管府（如“南镇国寺”，设龙禧总管府；大“护国仁王寺”，设会福总管府；“大承天护圣寺”，设龙祥总管府等）。此外还设有田赋提举司、营田提举司、财用所、民佃提领所、香户提举司、营缮司等。在这方面几乎政教不分，而以正式官署管理寺院事务也是前代所未有的。
历代掌管宫廷器用之制作多为少府监所属官署。而将作监则掌管公用之建筑。元代升将作监为将作院，专司宫廷器用及衣冠服饰之制作。其所辖各种工艺品的作场也是非常繁多的，依其种类分设三个总管府掌管：一、诸路金玉人匠总管府。所属有玉局提举司、金银器盒提举司、玛瑙提举司、金丝子局、带斜皮局、瓘玉局、浮梁磁局、画局、装钉局、大小雕木局、温犀玳瑁局、漆纱冠冕局等。二、异样局总管府。所属有异样纹绣提举司、异样织染提举司、纱罗提举司等。三、大都等路民匠总管府。所属有备章总院、尚衣局、御衣局、织佛像提举司等。
关于宫廷的职事，专供皇后的有中政院，所属有中瑞司、内正司、正翊司等。专供太后的有徽政院；供应太子的有储政院。总之，元代的皇后、太后、太子诸王都可以有领地，有丁口，国官与宫官交错设置，政令分歧，是历史上所仅见的奇特现象。
元代所设各院，与传统比较接近的是：太常礼仪院、典瑞院、太史院、太医院（其所属有惠民局及医学提举司，是有关医疗事业与医学教育的）。
元末设置的奎章阁及艺文监，专掌书画鉴定及刊布图籍之事，也是前所未有的特设机构。
元代的驿站制度特别发达，因此而特设通政院以管理全国驿站之事，而於各路置脱脱禾孙一官以辨奸伪。
元代官制特点：
第一，除最高机构外，一般中外军民官署皆在主官之外设一达鲁花赤，主要由蒙古人担任，特别是外官，自总管府以至府、州、县行政实权皆操在达鲁花赤之手。
第二，自仁宗始，开科取士，分蒙古人、色目人与汉人、南人为两榜。虽已稍变初期专用蒙古人担任要职的做法，但南榜进士最多做到御史台及六部尚书为止，最高职位仍限于蒙古族人。
第三，事务官及吏员比较充实，其地位也有所提高，例如都事及令史等，往往都有发言任事之权。这是由于蒙古高级官吏对情况不够熟悉，能力薄弱，不得不假手於这些低级职员。
第四，工艺技术官司之设置十分繁琐，这是由于元代手工业发达，有匠户组织的缘故。
宣政院的几次废罢：
1、元武宗在位期间（公元1308-1311年），对于藏传佛教十分尊崇，以致宣政院曾经宣旨：凡俗人指斥诟詈西番僧人者都处之以截手断舌的酷刑。当时武宗的太子，即其弟弟、后来的仁宗，就加以谏阻。至大四年（公元1311年）正月武宗去世，仁宗在已亲政还未即位时，二月下令旨禁止宣政院违制度僧。同月甲寅“罢江南行通政院、行宣政院”。过了半个月，二月丁卯“罢总统所及各处僧录、僧正、都纲司，凡僧人诉讼，悉归有司”（《元史·仁宗本纪》）。他即位后，四月丁卯重申罢诸僧司这一命令。此即“除宣政院、功德使司两个衙门外”，全国各处僧官衙门一律停废，其印信一律拘收销毁，凡涉及僧人违法和诉讼案件全由地方官审理。这是仁宗锐意改革庶务中的一项重大措施。其原因是仁宗早年曾居住在怀孟（治今河南沁阳），目睹僧官贪劣腐化的种种作为，他说：“在前我栲栳山（今山西永济东北栲栳镇）回来时，至潞州（治上党，今山西长治市）呵，平阳（路名，大德九年改晋宁，治今山西临汾）的僧录，腊月八日就潞州我的陆水寺里杀羊，唤歹妇女每吃酒；又和尚每告他则潞州里要了玖拾余锭钞来。”又认为“乾净的好和尚每，在寺里住着念经，与咱每祝寿也者；不乾净的歹和尚每要做僧官有。”（18）加以陪伴他出居怀孟、他的师傅李孟等汉人学者的反佛思想对他的这一决策也起了作用。李孟在仁宗嗣立之初，看到“释、老二教，设官统治，权抗有司，挠乱政事，僧道尤苦其挠，……（李）孟言……僧道士既为出世法，何用官府绳治！乃奏……罢僧道官，天下称快”。在取消了行宣政院及其下属诸路府州县僧官衙门后，经过七年，到仁宗延佑五年（公元1318年）九月丁亥“立行宣政院于杭州，设官八员”（《元史·仁宗纪》）复置的原因不明。但仁宗在位期间，铁木迭儿为相，总领宣政院事，“纳江南诸寺贿赂”；杨琏真伽之子暗普任宣政院要职，备受宠信；仁宗及其母都崇信佛教，所以仁宗初年虽欲更张庶务，并非如儒臣所期望那样，就江南佛教事务作一番彻底改革。此外，我们看到《元史》中记皇庆元年（公元1312年）四月壬午敕：“僧人田除宋之旧有并世祖所赐外，馀悉输租如制，”《通制条格》卷二九皇庆元年四月十七日中书省奏读的是同一件事，大意说：当时中书省据江浙行省报告，宣政院官奏免僧道等税粮得到皇帝皇太后准许。中书省认为这适与一直奉行的政策相违，“省官与宣政院官互相闻奏不一”，请求前此这类圣旨懿旨应予拘收，嗣后颁旨，请依旧例。《元史》又记，皇庆二年（公元1313年）六月乙亥，“诏谕僧俗辨讼，有司及主僧同问，续置土田，如例输税。”《元典章》卷三三《和尚头目》说出颁下这道诏旨的原因，大意是以往革除了一切僧官衙门，如今帝师为首的僧人上奏反映政府叫和尚们交纳钱粮、叫寺院供应铺马、听任使臣歇宿，这样和尚们更加受罪，他们的学经和作法事更受到妨碍。从这两条史料看来，在征收税粮政策上，中书省与宣政院意见分歧，在地方官管理寺院事宜上，帝师替僧人们说话，而皇帝依违其间，谕旨更变无常。在这样的背景下，延佑五年之再立行宣政院是有其必然性的。
2、行宣政院复立后经过八年，泰定帝泰定三年（公元1326年）八月罢行宣政院及功德使司，原因和执行情况，史文不载。但《元史》又记文宗天历元年（公元1328年）十一月，从御史台臣言，罢行宣政院。此后两年内情况不明，至顺二年（公元1331年）二月戊申“立广教总管府，以掌僧尼之政，凡十六所：曰京畿山后道，曰河东山右道，曰辽东山北道，曰河南荆北道，曰两淮江北道，曰湖北湖南道，曰浙西江东道，曰浙东福建道、曰江西广东道、曰广西两海道，曰燕南诸路，曰山东诸路，曰陕西诸路，曰甘肃诸路，曰四川诸路，曰云南诸路。秩正三品。府设达鲁花赤、总管、同知府事、判官各一员，宣政院选流内官拟注以闻，总管则僧为之”（《元史·文宗本纪》）。原在杭州的行宣政院既然撤消，所辖事务归浙西江东道、浙东福建道二广教总管府处理，其上则有宣政院总领全局。通例：达鲁花赤职掌印信，僧人总管则握判署之权，这是有意抬高僧人的地位，但总管府的级别比行宣政院降低了三级，官员名额也减少了。
文宗之所以在全国地方上作出这样大的更改，还不易释明。在元朝诸帝中，他是接受汉文化最深的一个。当他即位前住在建康，就认识许多南方僧人，受到汉地佛教文化的薰染。虞集颂扬他说：“天历天子，久潜金陵，清燕之暇，洗心于佛乘。凡行道明教之士莫不知名。”他在建康即游览佛寺，修建寺塔，还曾沿江东去镇江金山龙游寺揽胜；即位后将在建康的住宅改建为大龙翔集庆寺并命祥僧大欣为第一任住持。这些都说明他对江南佛教僧侣素怀好感，设总管府一举也许出于他振兴汉地佛教的心愿。
3、广教总管府只存在了四年，元顺帝元统二年（公元1334年）正月甲寅“罢广教总管府，立行宣政院”。这是《元史·顺帝本纪》的记载，同书卷九二百官志，云：“行宣政院。元统二年正月，革罢广教总管府一十六处，置行宣政院于杭州。除院使二员，同知二员，副使二员，同签、院判各一员。首领官：经历二员，都事、知事、照磨各一员，令史八人，译史二人，宣使八人”。从编制上看，官员八人，与廷佑五年九月再立时同。对比至元二十八年成立时的编制，即“设院使、同知、副使、佥院、同签、院判、经历、都事、照磨等员”（《至正金陵新志》卷六官守志）。官员中无佥院一员，馀全同，可知这第三次立院恢复了至元体制。
《元史·顺帝本纪》记至正二十七年（公元1367年）五月“癸未，福建行宣政院以废寺钱粮由海运送京师”。这仍是原在杭州的行宣政院，因为前一年十一月明军攻下杭州路，这所机关随着元官员迁到福州，所以改称“福建行宣政院”。
总结行宣政院立废变化，大致如下：
a、1291（至元二十八年）--1311（至大四年）存在20年；
b、1311（至大四年）--1318（延佑五年）废罢7年；
c、1318（延佑五年）--1328（天历元年）存在10年；
d、1328（天历元年）--1334（元统二年）废罢6年，代替以广教总管府；
e、1334（元统二年）--1367（至元二十七年，元亡）存在33年。
如此，行宣政院共存在约63年，其所以废罢数次，与元廷收权中央、减少机构或许有关，另外，朝廷在委任俗官（从方面大员到亲民之官）以管理释教的全权抑或听任僧人自治，重用僧人参预政治这一矛盾间游移，也可能引导到机构的取消变更。顺帝之再设行宣政院则是再度把权力收归地方长官之手。行宣政院下属各级僧司（其中也有皂隶等俗人）受仁宗于至大四年那次废罢的打击，至此时迄未恢复元气，因为至正四年（公元1344年）诸山主僧向丞相兼宣政院使脱脱抱怨他们在郡县管理下很苦，如坐地狱，请恢复僧司，脱脱说：“若复僧司，何异地狱中复置地狱耶？”
附：
凉州会盟
公元1247年在中国西部凉州（今甘肃武威）西藏纳入中国版图完成祖国和平统一。公元13世纪初，蒙古汗国西凉王阔端在奉父王之命率蒙古大军挺进吐蕃雪山脚下时想起10多年前战争给吐蕃带来的灾难和被藏族姑娘卓玛所救的往事时，他毅然决定抗旨撤兵。为了祖国和平统一，阔端忍辱负重，放弃汗位，以汗国名义颁发诏书，亲派助手多达那布将军为金子使者和女儿萨日朗一起前去邀请西藏高僧萨班来凉州会谈。吐蕃高僧接受了邀请，并说服众僧族人，毅然率侄儿八思巴和那多吉等僧人赴凉州与阔端举行了举世瞩目的“凉州会盟”。从此使西藏纳入了中国版图，实现了蒙藏汉及多民族之间的世代团结和睦。
白塔寺
白塔寺是西藏宗教领袖萨迦班智达（萨班）与蒙元代表、西路军统帅阔端举行“凉州会盟”的地方，正是这个会盟，让吐蕃（现在的西藏）则会正式归入中国版图（那时候是在元朝忽必烈掌权时代）。因此，萨班也就成为西藏归入中国的重要推进者。除了这个历史事件之外，白塔寺其实还是萨班领导下的众多僧侣传播佛教思想的集中地儿，据说最辉煌的时候有3万多僧侣居住在白塔寺。