翌日，天色大亮之际，马超再次率部对长安的内城发起了总攻。
此刻，董卓意外身死的事情，还没有传扬开来，马超自然是不敢懈怠的，集中优势兵力，发动了这场全面的强攻。
但是令马超感到意外的是，今日的战斗相比昨日，竟是显得轻松了许多，似乎内城董卓所部将士们的抵抗之心，明显比昨日降低了数个等级，应对起马超各部人马的进攻时，也是显得有些心不在焉。
开始的时候，马超只是感到奇怪，但却并没有太放在心上，可是随着战斗的进程，目睹了敌军一触即溃的战斗形势，马超很快就意识到了不对，连忙派出探马潜入内城打探消息，这才得知就在昨夜，因为董卓强行霸占了董贵妃，引起了刘协的极度不满，竟是从背后一剑将董卓刺杀当场了。
纸始终包不住火，董卓的部下又并非是密不透风的铁板一块，尤其是董卓死后，他们的军心自然便更为的涣散，再加上马超探子的精明，很快便将这段刚刚发生的秘闻探听了出来。
得知董卓已然身死，刘协也已出逃，现在的长安城完全就像是一盘散沙的情况后，马超当机立断停止了大部队的进攻，而是改用了围而不攻的政策，准备利用城中饮水匮乏的条件，逼迫内城的敌军主动开城投降，从而减少自己部队的作战损失。马超相信，以董卓残部将士现在的心态，他们是绝对坚持不了几日的。
果不其然，正如马超所预料的那样，内城的敌军在勉强抵抗了数日之后，便开始出现大面积的混乱，许多抵抗不住绝望和恐慌情绪的将士，主动打开了城门，向马超纳降。
就这样，马超几乎是兵不血刃的便占据了内城，成为了真正的长安之主。
全面接管长安城之后，马超立刻派出郑泰前往城中给出张贴告示，安抚民心，并同时给断绝了水源的普通老百姓们送去了定量的饮水，在战争中遭受损失的，全部按照市价予以补偿。
郑泰本来就是朝中的大臣，多年前便与朝中的一些大臣们相识，他的出面，很快便赢得了跟随刘协一同被迫来到长安，却又遭到了刘协抛弃的大臣们的信赖。以蔡邕为首的一班名士、大臣，也开始频频出现在街头，宣扬着郑泰的纯良以及马超的忠正。在他们的配合下，郑泰很快便完成了安抚的工作，令长安城中无论是大臣们还是普通的老百姓，终于压下了内心中的惊恐，开始接纳马超这个新的主人了。
其间，还有一件有趣的事情发生。董卓生前残暴无道，所以在他的尸身一直被暴晒在烈日之下，遭万民唾弃。可偏偏名士蔡邕却对董卓抱有旧念，在协助郑泰安顿好了百姓们之后，哭着来到了董卓尸体前，亲手为其收尸。对此，马超也是颇有感慨，无论是如何残暴之人，他们的内心深处，必定还是多少会存有一丝情谊的。若非董卓生前对蔡邕另眼相待，怕是以蔡邕之名声，是绝不会哭着来给他收尸的。
对于蔡邕的举动，马超也没有阻止，任由他去了。
在安抚民众的同时，马超亲自来到军中，对投降的董卓残部将士进行筛选和整编。董卓部下共有七、八万人之多，在先前的战斗中，几乎没有遭受什么损失，损失最大的是长安城内各个势力的私兵，他们完全被董卓当做了炮灰来使用，因此损失惨重，大部分的势力经此一役，都陷入了有史以来的最低谷，呈现出一蹶不振的状态。当然，也正是因为董卓当初没有想到马超进攻长安的决心，昏头昏脑的派出这些私兵炮灰，才导致马超仅用了一天的时间，便攻克了外城，占据了有利的战略位置。
董卓残部的将士们，在战后还有五万多人。对这些将士，马超依旧是遵循着之前他亲自制定的规则，心存忠义的，录入军中，从最底层的士卒开始做起；而心术不正的，则是予以遣散，令他们去自谋生路；至于心生邪念的，不用说，对待此种败类，马超的做法，从来都是在他们脆弱的脖颈上痛快的赏赐一刀，送他们下地狱去接受惩罚。最后，马超在数万降军中，筛选出了近两万名可用的士卒，编入了自己的军队中，此外还选出了七千名青壮劳力，交给了俄何烧戈，由他带回草原区，充当牧区的劳动力，促进牧区的经济发展。
借着整编降军的机会，马超还大刀阔斧的对长安城中，已经名存实亡的各个势力进行了整顿。马超以冠军侯之名，以开府仪同三司的权力，将长安城中的士族全部除名，不但废除了他们所拥有的特权，还没收了他们的土地，并对这些土地进行了再分配，让大片的土地重新回到了劳动人民的手中。
很久之前，马超就想对士族的势力动手了，只是因为士族是这个社会的历史产物，根深蒂固，绝不是一朝一夕之间便能清除掉的。马超可是很明白，士族的特权，是限制整个社会向前发展的最大障碍，所以他必须要对士族进行打压，改行以军功、战功等功勋为升迁依据的制度。
正好这次董卓把长安的士族们折腾的不轻，马超便借着这个机会，以长安为试验点，大胆的进行了一次尝试。有了这个开端，在以后相继收复的关中各地中，肃清士族的特权，必将会变的更为轻松。
和西凉相比，关中更为繁华，自古便有得关中者的天下之说。西凉地处偏远，士族的各种特权，体现的并不明显，但是关中就不一样了，可以说关中就是士族的发源地，对待关中地区的士族，马超是一定要从源头上断绝士族之前的各种特权，这样才能更有利于今后的稳固发展。
当然了，到目前为止，士族的势力还没有衰落到衰竭的程度，马超可以刻意打压士族，但还没到将士族连根拔除的时机，所以马超目前采用的手段，还是比较温和的，只是把士族手中的一部分特权归还给老百姓，而没有剥夺他们全部的特权。除非其他各地都像长安这样，士族的势力被董卓先一步给搞残废了，处于名存实亡的程度，马超才可以没有后顾之忧的出手。
在整顿部队、安抚民心的时候，马腾亲自带人清查了长安城中的国库，发现国库中几乎是一穷二白，根本无法与偌大的大汉江山相匹配。不过，马腾也并非一无所获，相反，在董卓的私人库府中，马腾倒是发现了大量的金银财宝、古玩字画，用堆积如山四个字来形容也是毫不为过。而且在清查董卓部下将领的府邸时，马腾也搜出了许多的财富，这些财富堆积到一起，甚至可以顶上金城商会两三年的收入了，可见董卓部下将领们平日里是如何疯狂的敛财了。
在马腾清查的工作全部完成之后，马超根据所查封的府邸大小、军中文武众人的官职和功劳，对这些大大小小的府邸进行了重新分配，赏赐给了部下的文武众人。马超的这一做法，既表现出了他对下属们的关爱之情，同时也表达出了他的决心——在长安常驻下来，今后，长安便将是西凉军事集团的军、政、经济中心之所在了。
历经半个多月的时间，长安城中的一切事务总算是稳定下来了。马超在这个时候，相继派出数支部队，分别在关羽、黄忠、太史慈和徐晃四人的率领下，分东南西北四个方向，席卷向了整个关中之地。四员大将也没有辜负马超的期望，率部一路催枯拉朽，破关斩将，捷报频频传来，仅用了一个多月的时间，四人便相继攻克了关中其余的大片土地，使得整个关中，就此正式落入马超之手。
全据关中之后，一个令人头疼的新问题，又摆在了马超的眼前。那就是对长安城中以及关中给各地官员的任选问题。马超手下是有一班文武良臣没错，可这些人毕竟是有限的，治理西凉卓卓有余，但若是分出一些人来治理关中，就显得有些捉襟见肘了。
说白了，马超手中没有那么多可用的人才啊！
为了解决这个问题，马超经过仔细的思考以及和部下众人的反复磋商，最终决定将西凉旧部调过来一批人，安排到关中各地，暂时缓解人才危机。在西凉，经过马超这些年的治理，已经很是稳定了，诸如国渊、许慈等人才，也可以腾出手来关中帮助马超稳定局面了。
至于他们走后所空出来的职位，马超决定由第一届从西凉学府中毕业的学生来接管，让他们在积累了足够的理论知识之后，从实践中摸索为官治政之道，也算是对他们进行一次全面的考察，筛选他们之中的出色人才吧。
这个时候，就体现出马超的高瞻远瞩了。西凉学府的第一届毕业生，在经过了三年时间学习之后，大部分人已经能够很好的接班了，免去了马超无人可用的尴尬。当初马超花费了巨大的人力物力兴办西凉学府，此刻开始展现出它存在的价值了。
除了在西凉调人，马超还在旧有的长安官员们之中，选用贤才，予以重新启用。以蔡邕为首的二十多人，经过甄选之后被马超留任，其余的人，则是被马超客气的请上马车，一股脑的送到了曹操那里去了。
马超可没有多余的粮饷供养这些无能之辈，还是把他们送到曹操那里，让曹操去添堵吧。毕竟，这些人可都是朝廷的大臣。
身为大汉天子的刘协，已经颁布诏书，下令将大汉的帝都从长安迁到了许昌，并将许昌更名为了许都。这些大汉朝臣，自然是要到许都去侍奉刘协的了，总不能让刘协真的成为光杆司令吧？
再说，这些被遣散的数十位大臣，治政的本事一无是处，可是马超相信他们挑拨离间的本事还是有的，让他们去许都，聚拢在刘协的身边，也等于是给曹操埋下了一颗定时炸弹，为曹操增添无限的烦恼，马超又何乐而不为呢？