小智等人经过漫长的旅途，来到了一座看上去有些破旧的城市——黑云市，城里的风都带有臭味，小智等人心情也有点难受，皮卡丘和伊布都不好受，神奇宝贝的嗅觉可比人类要还要好一些，不是梦幻的保护罩，牠们可能会被臭味熏晕。
“这里工厂林立，可是看起来怎么这么冷清呢”，小霞看着四周都是几乎都是紧闭着门
“这里好像叫做黑云市，听说这里以前到处都是工厂，所以很繁华，但也是因此，天空与大海受到了污染，于是这里也没落了”，小刚稍微解释了一下。
小智他们来到了神奇宝贝中心。
“请问有人在吗？有没有人在啊”，一路忍受着污染的空气走到神奇宝贝中心后，小智立刻问道，毕竟还是要恢复神奇宝贝的。
“啊~，真受不了”，这时一位打着哈欠的工作人员出来了，不过是没精打采的样子，“你不知道现在几点钟吗？普通好孩子这个时候都已经睡觉了”，乔伊小姐也走了出来，一脸困意的说道。
“对不起啊”，小智也知道现在挺晚的，所以不好意思的说道。
“请问现在还有房间吗？”宗次问道。
“有，有很多，要办理留宿吗？”工作人员查都没查，就说有房间，不过也正常，这种污染这么严重的城市，一般很少人来，更是很少人会在这留宿，自然会留出很多宿舍。
“是，麻烦你了！”小智他们拿出图鉴给工作人员，工作人员随便的操作了一下，就搞定了。
“乔伊小姐，我的神奇宝贝就拜托你了”，想要恢复神奇宝贝的体力，所以只好托付给乔伊小姐了。
“啊~啊~，好吧”，乔伊小姐继续打着哈欠的说道，根本就没有把照顾神奇宝贝当做重要的事情，就随便的收下了。
“我说……我想要说的是，有人跟我说你是众姐妹中最怪的一个”，这时诚子对乔伊小姐说道，而小智和小霞这时也发现小刚居然这次没有犯花痴，难道是因为这个原因，看来小刚不是对所有的美女大姐姐都有兴趣的。
“不对，他们才是奇怪的呢”，乔伊小姐听了诚子的话后笑着说道，小智和小霞他们顿时无语。
“怎么回事？”就在小智他们准备去房间休息时，突然间灯熄掉了。
“好像是停电了”，小刚则是说道。
而乔伊也一改之前无精打采的模样，赶急到了屋里，那里面有一群神奇宝贝，小智他们跟着乔伊小姐到了里屋后，乔伊小姐看着许多的神奇宝贝担心的说道：“这些是治疗中的神奇宝贝，电力如果在不快点恢复的话，它们就有危险了。”
“这里的发电厂在什么地方？”小智知道现在事情紧急，所以立刻问道。
“发电厂？”小霞和诚子听了小智的问话，立刻重复的说道，有点稍微的不解。
“没错，停电一般都是出在发电厂的问题。”宗次说道。
“就是那个有大烟囱的工厂”，乔伊小姐通过窗户指着一座又高大烟囱的工厂说道。
“好，我们走”，又从乔伊手中接过自己的神奇宝贝，小智说完就出发了，大家就向发电厂跑去。
“这里是发电厂”，经过一路奔跑，小智等人终于到了发电厂。
“有人在吗？有没有人在里面啊？如果没人在的话，我们就要进去了”，打开门后，看到黑漆漆空荡荡的屋子，小智就大声的喊道，可是却没有人回应，便向里继续行走。
“我猜这里应该是有员工在某个地方管理的吧”，小刚边走边说道。
“那个地方是中央控制室”，小霞则是在看完墙上的地图后指着前方的房间说道。
“好像有东西跟着我们”，走在去往中央控制室的走廊上，小刚突然对小智和小霞他们说道。
“没有东西啊，是不是你多心了”，诚子看了看四周什么都没发现
“皮卡！皮卡～丘～！”，皮卡丘好像发现了什么，然后往某一处电去，紧接着，一道圆形影子从小智他们面前闪过，看来是真的有跟着他们的存在
“看来皮卡丘和小刚没有感应错，确实是有人存在，说不定就是他们导致的停电，我们追”，小智想当然的说道。
“等一下，你们有没有闻到什么臭味？”，小霞突然捂住了鼻子
“你这么一说，还真有诶！”，小智和小刚他们也捂住了鼻子。
“不过这样一来，我们就不知道导致停电的元凶了，不知道是之前那道影子，还是因为这个臭味，所以我们需要分开行动”，小刚分析道
小智他们还在分配怎么分组时，从天花板上突然传来‘砰’的一声，天上出现一群紫色污泥状的宝可梦
“就是这些家伙，真是臭死了。”，小霞看到这群宝可梦就知道了臭味来源。
“是臭泥！”宗次立刻认出了这些宝可梦。
“呜啊~”，而这时随着越来越多的臭泥的出现，一只比臭泥大的神奇宝贝出现了。
“啊，这么大，是臭泥的老大吗”，已经臭的不行了，突然又出现了一只老大，小霞更加不能忍受的说道。
“臭死了，真的是臭死了”，诚子最后实在受不了的说，然后就看到臭臭泥开始指挥者臭泥攻击小智他们，小智等人就只好跑路了，跑着跑着就碰到了工作人员，大家就一起跑到了控制室，可臭臭泥一直指挥臭泥撞门，最终们还是被撞坏了。
“怎么办？”小霞看到这种情况后有点慌乱。
“没办法了，只能用武力赶走牠们了！”小智想派出所有的神奇宝贝来战斗的。
“那是…小磁怪和三合一磁怪”，就在这时突然出现了好多的小磁怪和三合一磁怪
小磁怪和三合一磁怪一起放电，把臭泥们都赶跑了。
“等一等，还有一只留下来了”，就在大家欢呼的时候，诚子指着一边说道：“是臭泥的老大，臭臭泥”，原来臭臭泥没有走，还在那里。
“小智，这只臭臭泥居然是臭泥的老大，实力肯定不俗，你试试能不能收服牠！”小刚提议道。
“为什么你自己不收服啊”，小智吐槽道。
“因为我是岩石系的道馆训练家啊，而小智将来要成为神奇宝贝大师的话，各类宝可梦都接触一下比较好”，小刚解释
“哦？超音蝠？”，小霞提起在月见山被小刚收服的超音蝠，小刚一时间无话可说
“算了，试一试吧！伊布，就决定是你了！”小智也不管这么多了，就直接上。
“伊布～”伊布有些不愿意，毕竟在家伙实在是太臭了，不过还是决定上，大不了结束后在小智这里寻求安慰。
“伊布，转换成太阳精灵，念力”
伊布身上散发着耀眼的光芒，变成了太阳精灵，太阳精灵眼睛散发着蓝光，臭臭泥身体被定住动弹不得，随后被太阳精灵随意玩弄，臭臭泥被玩弄的晕头转向。
“解决牠，幻象光”太阳精灵头上的宝石射出一道光束，击中臭臭泥，此时已经没有任何反抗的余力了，瘫软的趴在地上。
“去吧！精灵球！”小智丢出精灵球，臭臭泥没有了反抗能力，成功被收服。
还好小智没有把所有的臭泥和臭臭泥一起收服，不然的话，大木博士的鼻子可就有的受了，不过大木后花园里，好像有几只会香甜气息之类的技能的神奇宝贝吧，而且大木博士有办法解决臭臭泥身上的气味的。
不过小智他们忙了一晚上，终于把发电厂的事处理完了，顺便一提，小刚和宗次在途中各收服了一只小磁怪，
天亮后，他们才回到神奇宝贝中心，宗次对乔伊小姐和赶来的君莎小姐说道：“臭泥的大量出现就是环境被污染严重造成的，所以以后的环境就靠你们了”，
“给你们添麻烦了，真是惭愧，我以后一定和大家早日恢复此处的环境”，君沙也认识到了自己身上担子
“谢谢你们，都是托你们的福，神奇宝贝们才能恢复健康，我以后也会好好照顾牠们”，乔伊看上去也有了精神。
“哪里那里，过奖了”，小智他们稍微谦虚一下。
“解决危机的奖励会发到你们账户上的，请记得查收！”这位君莎小姐还挺懂的
众人在黑云市停留休息一天后，继续踏上旅途