孙恩倒下了，但是还留下了数千手下，于是大家推选了他的妹夫卢循当了老大。其间是否发生过类似港台黑帮剧的那种争权的狗血情节不得而知，实际上卢循一直是孙恩的重要辅佐，声望也足够服众的。
此时政府军忙什么呢？政府军被桓玄打败了，司马元显也尸解成仙去了。桓玄入主建康之后，也需要时间来稳定政权，于是就是老一套的招安工作，封卢循为永嘉太守，就是温州太守，可惜卢循却没有上当老实下来。
孙恩是三月败亡的，五月，卢循就兴兵从海上进入浙江金华一带，攻打东阳，但被随后赶来的刘裕痛扁一顿后，逃回了永嘉。大家看看地图就会发现，卢循在战略方面的大局观比孙恩强多了，他把根据地放到了离南京更远的温州，又没有远离大海，进可攻、退可守，比在海岛上只能晒日光浴强太多了。
403年二月，卢循不甘心失败又跑过来攻打东阳，然后遇上刘裕，这次更惨，被痛扁+1，老家永嘉也丢了。
同年八月，卢循回军攻打永嘉，想把根据地夺回来，又遇上了刘裕，被痛扁+2。
第二年，刘裕有正事要忙了，当上了盟主，带领一帮小弟要恢复晋室，拯救地球，也就没时间陪卢循这种小虾米玩了。卢循也总算知道自己不是主角，跟未来的皇帝打架哪有好果子吃，既然你没时间玩了，那我也离你远点。于是，十月，一路向南，打进了广州城，然后自封平南将军。经过几年的经略，成为南方的大军阀。
405年二月，晋安帝回到建康，看着一地鸡毛都发愁，哪还有心情收拾卢循，四月，就给他封了个广州刺史，暂时换来了南方几年的安稳，至少表面上是安稳的。
但卢循也不是傻瓜，知道人家现在是顾不上收拾自己，等把一切捋顺了，第一个就会来收拾他。所以，已经颇有势力的大军阀卢循准备彻底解决压在头上的大山，410年，趁老对手刘裕正在痛扁南燕慕容超时，和姐夫徐道覆分兵两路，从广州一路北上，势如破竹，大军逼近建康。悲剧的是，又被赶回来的刘裕痛扁+3。年底，二人败回广州，但此时的广州老家已被抄了。又挣扎了几个月后，411年四月，卢循最后败走交州后，于龙编投水而亡，嗯，这个龙编在现在的越南河内东边，所以推测卢循最后应该喝的是红河水。
至此，孙恩、卢循的起义终结。
历代史学家对孙恩的起义多持否定态度，虽然客观上是反抗晋政府的暴政，是起义军的性质，关键是这家伙除了祸害，没做过一件利国利民的好事。仅就因他而死的人来说，到孙恩死的时候，第一次虏走的二十多万人口还剩下几千人，加上数次大战，前后也有死了几万百姓，这只是造成的直接死亡，间接死亡的就无法计算了。
从399年孙恩起兵到卢循败亡，这次为期十二年的起义是五斗米道的又一次大规模的起义，通过对这次起义及同期的其他起义分析可以看出，两晋时期五斗米道的宗教行为与汉末的五斗米道有相同之处，也有了很多不同的地方。
总体来看，两个时期的五斗米道的基本教义方面变化不大，比如，仍然是保留着关小黑屋子思过的传统，首过、祷祝仪式等方面也基本上一致。
长生追求方面也没有区别，否则孙恩也不会欣然接受手下给他的长生人的雅号，这也从侧面也证明了从下至上，大家对长生的追求依旧初心不改。
源自巴蜀巫鬼术的鬼神信仰也依旧存在，比如王凝之就是要请来鬼卒助战，而不是请的天兵天将、四值功曹之类的。
当然保留最好的还是坚信天、地、水三官神灵的存在，由于地处多水的浙江地区，尤其信奉水官，这一点可以从孙泰、孙恩的死法上看得出来。
两晋时期，沿海地区尤其信仰水仙，这也是五斗米道和地方信仰相结合的一方面，通过极力灌输给教众死在水里是能成为水仙的思想，加强了宗教的思想控制，使手下人悍不畏死。当然了，万一被人家砍了脑袋怎么办，是不是就没人敢冲锋了？放心，如果不是掉水里淹死的也没关系，只要你入教了，死后就可以“尸解”、“蝉蜕”，虽然没有成为水仙更有前途，但也比普通人死了去地府强得多，放心拼命就对了。也正因为这种洗脑似的宗教宣传，在行军过程中，有的妇女由于带着婴儿不方便，甚至舍得把孩子扔进水里，意思是孩子先去仙界享福，等以后老娘也去的时候，照样还是你妈，足见这种蛊惑的威力。
当然，变化也是肯定有的。经过两百多年的历史变迁，又经历了两次人口大迁移，离开了生它养它的巴蜀大地的五斗米道，怎么可能一点改变也没有？除了地域、政治上的客观因素的影响以外，五斗米道和南方本地宗教、巫鬼方术以及残余的太平道的融合发展过程中，促使自身适应、改变的同时，实际上也对道教的整体发展、完善起到了积极的作用。
从孙恩等利用宗教发动起义的这些教团分析，他们为了更好得利用宗教实现个人的或一部分人的利益，取消了五斗米道的“治”的单位，不再提倡诸如三官手书、盟威科仪等对于战争和统治没有实际意义的部分。仓廪足才知礼仪，连吃的东西都要靠抢的一群人，谁和你讲什么科仪？
最大的不同之处表现在组织领导的统一性方面。五斗米道从南渡以来，内部便不再是一个统一的、团结的整体了，开始有了不同地域的团团伙伙，有了不同的利益圈子。除了孙恩、卢循以外，组织起义的还有诸如李特、陈瑞、张昌、丘沈、刘伯根、王始、李脱、李弘、李金根、卢悚等，这些人基本上都是有自己的小团伙，相互之间并也没有统一的组织领导，他们还代表着不同的士族集团，有着自己的地盘、利益，相互之间甚至相互仇杀、攻伐。比如孙恩和司马元显这对师兄弟就是对死敌，孙恩同样把五斗米道的忠实信徒王凝之给咔嚓了。
考证这些参与起义的领导人可以找出很多共性之处，已故史学家田余庆先生总结了六点：一、同为侨人；二、同为寄寓江左的次等士族；三、同奉道教；四、共为婚家；五、同活动于建康以外而不得进入东晋政治中枢；六、同有突破门阀政治限制的要求。这些起义领袖起义的动机和结局其实和孙恩没什么区别，本质上还是要充分利用宗教和民怨谋求改变自己小士族的地位，向大门阀、大士族争取更多的权利，至于要推翻皇权，为天地立心，为生民立命，为往圣继绝学，为万世开太平，对不起，那是儒家的事，与我等道士没有半毛钱关系。跟着拼命的百姓们怎么办？你想多了，那只是工具，都管饭了，再提要求你不脸红？
孙恩自己出身小士族，起义过程中还接纳了很多小士族加入，这导致他的人生目标和底层农民意愿从根本上的不同，说白了他自己就没有个远大理想，没有高品位的人生追求。这可以通过他数次登陆的表现看出来，那只是泄恨报复，暴力破坏，只是一昧劫掠，烧杀，没有一丝为百姓争取社会地位的想法。另外，从他长期占据海岛，而不是谋求建立稳固的根据地来发展，也可以看出他的短视。总之，这家伙就没做过一件好事，所以学者们不承认他领导的是代表正义一方的农民起义，反而定义为流寇、海盗、作乱。
本质上看，孙恩的起义是阶级斗争的产物，宗教意识占据主导的地位。为社会的和政治运动披上宗教的外衣，这是政客们最喜欢，用得最顺手的手段，所以，从黄巾起义到大大小小数十次的五斗米道的起义，统治阶级对宗教活动一直是采取着利用、拉拢、防范、控制相结合的策略，少有一棍子彻底打杀的情况，归根到底还是为了维持他们的统治。
当然，玩火也有被烧死的时候，孙恩的起义，对世族大地主的沉重打击，直接动摇了东晋的根基，在客观上为以刘裕为首的庶族地主集团力量的发展提供了有利条件，为刘宋取代东晋创造了一个契机。也由此，刘裕和儿子刘义隆才重视吸取了东晋灭亡的教训，采取了一系列的轻徭薄役，休养民生，推行恢复社会生产的新举措，减轻了农民负担，给这个苦难的朝代带来了难得的几十年的元嘉之治。
当然，除了引起了封建统治者的高度重视以外，孙恩的起义对道教的发展同样有着深远的影响，直接引起了南北朝的道教的演变，这些演变，甚至是破而后立的演变，最终在这个时代，把道教推上了巅峰。
另外，孙恩和卢循的作乱可以说是开创了中原海寇之始，为后世的海盗们提供了丰富的经验和蓝本，简直就是中国海盗的祖师爷。
一直以来，学术界多认为太平道随着黄巾起义的失败而消失了，最后，我们从孙恩的宗教行为中找找太平道的影子。
五斗米道自从归顺了曹魏以后，逐渐以上层士族为中心，同下层逐渐割裂开来，而太平道则一直坚持以底层为中心，崇尚以暴制暴的太平之路。有学者提出了孙恩所信奉的应该是以江南的巫鬼方术和东部滨海地方性的信仰为主，追随者可以跟着跳海自杀，甚至母亲可以把自己的孩子扔水里，孙恩、卢循都自称将军，大肆杀戮大士族等这些表现，都可以看出太平道的影响力依旧在。而王羲之等高门大族则是以五斗米道信仰为主，从王凝之的请鬼兵助战可以推测出来。此外，孙恩的水仙宣传也是和太平道的有紧密关系的。在《后汉书》中，皇甫嵩大败黄巾军时斩首三万，但赴河死的却有五万多，也就是说多数人是集体跳河自杀了。还有就是十常侍被追杀时，也有选择投河死的，在《三国演义》里也有这段情节。前文已经讲到过，十常侍和张角是有关系的，当年也是约为内应的，所以应该也是信仰太平道的。所以选择水里自杀的方式，在太平道中是一种尸解成仙的方法，孙恩投海并不完全是受地方的信仰或五斗米道的影响，还是有太平道的影子在里面的。
总之，完全割裂开宗教的融合发展性肯定是片面的，我们更应该看到道教的政治性和社会性，把它放到我国文明发展、社会进步的大环境中分析它。