在取得了皇帝的认可之后，寇天师及众弟子便兢兢业业，朝九晚五，五加二，白加黑……总之就是上班特认真。
审时度势，寇谦之经常找拓跋焘汇报工作，偶尔露几手道术，比如扶乩请神，降个天地异象之类的，中心思想都是为了让王权日盛，百姓愈加敬畏。当然，也不能忘记交好权贵，没事也常给皇帝和贵族们画几道符，拿回家去驱鬼化灾、治病祈福、健胃消食、夫妻和谐……总之，用过的都说好。当然了，出去讲座、义诊、走个穴、弄个直播什么的，刷刷存在感，扩大自己的影响力，收获点信徒也是必不可少的功课。考虑到北魏治国还离不开儒学，也为了回报崔浩的引荐之恩，寇谦之也常把崔浩的儒学治国的方略和风细雨地推送给拓跋焘，自然收获了越来越多的信任，拓跋焘则越来越倚重他了。
在取得了皇权的坚定认可和支持以后，时机成熟，寇谦之便开始着手对道教大刀阔斧地改革整顿。当然要师出有名，这样才能理直气壮、气势如虹，我是遵奉太上老君的法旨，哪个敢不服！没意见最好，有意见也得保留，要不自己找他老人家反映去，我也只是个执行总裁。
当时道教的现实情况我们也说过不少了，无论是五斗米道还是地方性宗教，都已经不适应这个时代的发展了。底层百姓容易成为起义军的主力，有人一场吆喝就拿着扫把、擀面杖就敢攻城拔寨，统治者早就忍得快出内伤了。涣散的组织、废弛的科律也让士族失望，原来信道还是个很体面、很有面子的事儿，可实在受不了诸如涂炭斋，就是通过用炭抹脸，泥里打滚这类悔过行为，太有点非主流了，哪能被清流们接受？其他诸如房中术、不入流的一些修炼功法、尊道贬儒的一些教义，更让知识分子们嫌恶。同时，佛教的强势、玄学思想的流行及儒家伦理的复兴，都刺激着混乱的道教不得不变革。有关佛教，后面我们讲佛教之争时再和道友们详细探讨，儒教是大家熟知的内容，不再多讲，至于玄学思想，前面也基本上探讨过。实际上，在北方道教连一地鸡毛都没不知道怎么收拾的时候，南方道教却一直稳步、健康地发展着，并且上清、灵宝、三皇三大经系发展不久后也将被陆修静整理成三洞经书，为后世道藏的编纂打下坚实的基础，虽然南北相隔，但南方的道教界的消息却一直影响、刺激着寇谦之。
寇谦之心里清楚，此次清整工作势在必行，但也绝不能鲁莽行事，对道教改革影响的绝对不仅仅是宗教，还有很多政治方面的因素要考虑，一步踏错可能就是万劫不复。越是在关键时刻越要保持平常心，掌握好步伐，步子迈得太大那会扯到……那会出问题的，所以，如果一味地诋毁或完全抛弃三张，把他们钉到十字架上，底下再点把火，搞个篝火舞会什么的，对五斗米道信徒来说是不可能接受的。经过深思熟虑之后，寇谦之提出了改革的总体原则，以“以礼度为首”为中心，首先要肯定张道陵的功绩，并且对他的后代子孙也要表现出礼敬的态度，就算你心里骂着张道陵，脸上也要百分之二百的真诚的笑，所以他的改革，实际上是尽量对合理部分保留，而对糟粕则尽可能得剔除，这除了受各方面因素影响外，实际上在那个时代，还孕育不出完全的、彻底的改革家。
寇谦之的主要改革有哪些呢？综合归纳了一下，大体如下。
一、取消了治的制度，“其蜀土宅治之号勿复承用”。
改革后的道教组织必须依附于统治阶级的管理体系，也就是说得让统治阶级感觉到我能掌控它了，这样消除了利用宗教犯上作乱的隐患，统治者们也能放心让它发展，睡觉也不用再学猫头鹰了。
曹魏时，五斗米道教民大量移居洛阳、邺城等地，到寇谦之时代依旧保持着治的宗教组织结构。治的形式在教团发展初期的管理上起过积极作用，但后来却变成了各地自行其事，成了农民起义的创业孵化基地。寇谦之通过多年的实地考察和思考，托言太上老君授意，在《老君音诵诫经》中说老君当初让张道陵如此立教，有当时的时间和空间的原因的，现在时间变了，空间也变了，当然就出现了不适合当今社会发展的情况，治的组织形式已经非常落后了，不适合新时代的发展了，所以现在老君他老人家授权给我打破旧制度，我们以后要穿新鞋，走新路了。寇谦之废除治后，设置各级道官，使各地分散的教徒统一由他这个天师总领，全部教众在特定的宫观、道场定期礼拜、斋戒，强化了权威，也防止出现暗中的搞风搞雨的事情。
二、取消“天师”、“祭酒”职位的子孙承袭制。
想当年，张道陵飞升前对众弟子们说，我飞升后，天师之位是要传给我儿子张衡，你们不要多想了，而且今后必须是我们老张家的子孙才能接任天师，这也就宣布从此以后，五斗米就成了老张家的私营企业了。弟子们如果知道二百多年后寇谦之取消了天师世袭的话，是不是希望他能早出生二百年呢？
寇谦之显然不姓张，更不可能是张道陵的子孙，如果不让太上老君取消这种世袭制，他还怎么能理直气壮地当上天师呢，这可不是改个姓或入个赘就能行的。当然，为了能更好地推进改革，祭酒的位子也顺便不用再承袭了，防止家族势力掌握权力。《老君音诵诫经》中给出了很有说服力的理由，“道尊德贵，惟贤是授。若子胤不肖，岂有继承先业”，总之就是你们老张家的子孙不争气，不能领导公司健康发展，所以老君才让我来当天师。当然，教内的等级制度是保留下来的，这样才能设置各级的道官，帮他垂直统一管理整个系统，选人用人也是有原则的，那就是“唯贤是授”。并且要求传教的人要保持威仪，不能总盯着富人发展入教，穷苦人也是我们的阶级兄弟。
三、革除租米钱税。
宗教体系是要有稳定的财政收入才能维持的，早期的五斗米教徒秋收后需要交米五斗，这也是教众的标志和义务，到张鲁时代，就不仅仅限于是收米了，肉、布、席子、纸笔之类的，总之你家里有的，值点钱的东西基本上都收了。到寇谦之时代，又进化了，连人带牲畜没有不收的，人嘛，当然都是漂亮的女仆了，所以，此时的租米钱税已经成为了教民的沉重负担了，五斗米道实际成为了高层的敛财工具。寇谦之认为，张氏家族让信徒交纳的租米钱税发展到如今，那是“脏钱逋税，贪秽入己”，属于非法所得。当免除了这些吃人的税收之后，道民哪有不拍手叫好的，谁还不给他点个赞？这项改革，不但减轻了道民的沉重负担，更重要的是缓解了统治阶级和底层百姓的矛盾，维护了社会的安定团结，如果百姓有口饭吃，哪还有人没事去造反？