为了进一步征服吐蕃，蒙哥着重拉拢吐蕃喇嘛，通过扶植藏传佛教达到统治吐蕃的目的。实际上，为了吐蕃，蒙古人早就开始了对藏传佛教的拉拢。早在窝阔台时期，1244年吐蕃萨迦派的班智达就应邀北上与王子阔端（窝阔台的二儿子）会面，结果就是把这位阔端王子皈依了，同时班智达也承认了蒙古人在吐蕃的统治地位。1253年，八思巴应邀到六盘山见忽必烈，当然这时候的忽必烈还没有继承汗位呢，结局是也被皈依了，尊八思巴为上师。
当然，蒙古人接受其他宗教的存在，甚至也信仰其他宗教，里面也和他们信仰的萨满教本身就是一个多神的宗教系统有很重要的关系。忽必烈就皈依了佛教，随之而来的是佛教开始在蒙古人中传播。再比如拖雷同样信仰萨满教，但他的老婆莎儿合黑贴尼却信仰了基督教，并且对穆 斯 林非常照顾。
蒙古人信仰的长生天是最高神，他们承认万物是有灵的，所以天、地、水、火、灵魂等等都是他们的信仰，比起基督教、伊斯兰教和佛教信仰者来说他们就更容易接受其他宗教和神灵，这也是元朝的多宗教兼容现象的一个原因。到蒙哥时期，哈刺和林简直成了宗教集中地，各种宗教信徒云集，清真寺、教堂、寺庙、宫观一个不缺。
随着蒙古高层改信藏传佛教的增多，藏传佛教逐渐取代了汉传禅宗的地位，成为蒙元政府最受尊崇的宗教。这可以说是一次双赢的合作，忽必烈很轻松地帮助哥哥蒙哥取得了吐蕃，八思巴则依靠蒙元的强权重建了吐蕃的秩序，萨迦派得到了迅速发展。
萨迦派源于印度毗瓦巴，由于在西藏波布日山下的萨迦寺而得名，因为建筑上刷了红、白、蓝三色，所以俗称“花教”。八思巴是“圣人”的意思，他是萨迦派五祖的最后一祖，八岁时就可以讲佛本生经，九岁时能讲喜金刚续第二品，17岁时就成为最年轻的教主。1253年，八思巴谒见忽必烈时年仅18岁，忽必烈却以上师之礼拜见他，足见这位有圣人之称的教主的佛法造诣的精深了。
之所以讲一下萨迦派，是因为后面还会讲蒙元时期的佛道之争，其中的一次是发生在1258年元上都的大规模佛道辩论会。这次大会双方各派了17位代表参加，年仅23岁的八思巴就是佛教一方的主要辩手，最终结果是道教完败，承认失败的结果是17名道士全部削发为僧，还有一些道观改成了佛寺，对于道教来说是个相当沉重的打击。道教失败的因素很多，但是不可否认的是，这位八思巴的佛学水平之高是其中非常重要的一个原因。
有学者说，成吉思汗利用萨满教一统蒙古，而忽必烈则利用佛教轻松征服了西藏，门岿先生进一步说：“成吉思汗时代是无意识的放任宗教信仰发展，忽必烈时代则是有意识地把宗教信仰自由作为国策旅行。”所以，只有忽必烈才是那个真正领悟了成吉思汗宗教政策精髓的后代，也是他的思想，影响着整个元朝的宗教政策。
及至忽必烈统一全国，建立大元皇朝以后，南方的新、旧道教也纳入了统治，包括净明、武当、茅山、正一、阁皂等，同样也得到了元政府的扶植，各大掌教、高道也受到了忽必烈的召见礼遇。当然最受照顾的还是全真教，1269年，忽必烈下诏对全真教的祖师全面加封，除了东华帝君地位不变，钟离权、吕洞宾、刘海母蟾、王重阳均受封为真君，这是后来的五祖七真之说的是原本。正是由于得到了统治者的支持，以丘处机为首的道教开始打击佛教，由此进一步引起佛道之争，这是后话了。
总体来说，蒙元历代统治者在宗教上所执行的政策一贯是扶植和为我所用，包括萨满教在内，对任何一种宗教都脱离不开那种简单、粗暴和极端的本质。宗教是一把双刃剑，蒙元统治者利用它巩固政治统治，加强民族团结和文化交流，特别是对西藏、青海、云南等这些地区的稳定和发展的确起到了一定的积极作用，但是由于其宗教政策方面的极端性，又给社会、法制、政治等很多方面造成了严重的破坏，阻碍着帝国的发展，甚至成为加速帝国灭亡的一个重要方面。
那么蒙元的宗教政策的极端性表现在哪里？比如忽必烈时期，藏传佛教的地位极高，不仅八思巴成为了帝师，大量的喇嘛也享受着很高的礼遇，可以说这些吐蕃的喇嘛在元朝享有着超出想象的特权。于是，当有高官、贵族获罪而被关进监狱里以后，就会有人请求这些高贵的喇嘛出面去求情，一般来说这些罪犯就可以高高兴兴地回家过年了，这无疑是对一个国家正常的司法秩序的践踏，当然蒙古人可不这么认为。
再比如，元朝统治者放任各种宗教之间的相互争斗，争斗并不只有佛、道之间才有的，这种做法无疑是在放任民族矛盾激化。如果这些宗教与元朝的宗教政策或蒙古人的习俗发生冲突时，对不起，你得立刻、马上、认真地加以改正，否则就是死。举个例子，据史料记载，伊斯兰教的信徒只吃断喉法宰杀的牛羊等，忽必烈赏赐给他们吃肉的时候，这些信徒问明白不是按这种方式宰杀的以后就拒绝享用。忽必烈知道后自然相当生气，于是就禁止他们再用断喉法杀羊，谁要敢继续这么做，就把他和家人也全部断喉，再把他的财产赏赐给告发的人，这是对自己的暴力和高压统治的极度自信，也是对伤害其他宗教信仰造成的那些许民族不稳定的毫不在意。
对于自己的萨满教是否会有例外呢？那同样是一种工具，和其他宗教没有什么不同。例如，曾经一位叫做阔阔的萨满不买成吉思汗的帐的时候，很痛快地就丢了脑袋。所以，无论是哪种宗教，蒙元统治者允许你存在的前提首先是必须对我有用，丘处机是因为在山东的巨大影响力才会得到成吉思汗的召见，信仰佛教的耶律楚材是因为拥有超强的政治能力才能够得到蒙古人的尊重和重用，甚至基督、伊斯兰的小小的占星者，都能够成为成吉思汗的贵客，但是无论你是谁，无论你是哪个宗教，反对蒙古人是绝对不可以的。
再比如蒙元特别优待佛教，造成了寺院经济迅速膨胀，控制了大量的人口和土地，后期严重影响到了国家的经济。难道统治阶级不明白矛盾最终会由政府转嫁给底层百姓，从而加剧社会的动荡吗？是他们根本不在乎，大不了全杀光了嘛，因为他们从来就没有重视过底层的各民族百姓，永远相信他们只会在铁蹄下颤抖战抖，就是这么简单，就是这么粗暴，所以有学者说：“元朝的半壁江山是被和尚所毁的”。