由于没有取得实质性的战果，1256年五月，福裕组织了一个代表团来到和林上访找蒙哥，说：“上次陛下亲自开庭，代表最高法院判决了，可是李志常那牛鼻子是个老赖，根本就不执行判决结果，您得给我们做主啊！要是他们还不服气，我们可以再给他们一个机会重新再辩辩。”
结果蒙哥说那就再给他们个机会，你们再辩论一次，看看他们是不是真的有什么想法。结果掌教李志常却派人回复说：“陛下，我出差了，现在这交通也不方便，一时半会还回不去，您让他们等等，多等等。”结果这一等就是永远，因为李志常这一年干脆就驾鹤西游，彻底不回来了。老大都没了，全真教也没心情理会和尚们的纠缠，反正就是不露面也不出庭，连个律师都不委托，所以这次辩论实质上由于全真教缺席判负了。
1257年七月，不甘心的福裕又来和林找全真教挑战，全真派依旧高挂免战就是不搭理这茬。没办法的福裕只好又来找蒙哥，把前前后后一说倒是把蒙哥给气乐了。接着福裕又反复强调全真教的那《老子八十一化图》根本就是全真教恶意杜撰，肆意污损佛教的。忽必烈看了看一起来的西域僧人那摩国师，早就和福裕是统一战线的那摩点头表示的确如此，于是蒙哥就安排忽必烈负责处理这件事，给佛道两家调节调节，希望彻底解决这个矛盾。
为了防止全真道士继续老赖下去，蒙哥还给忽必烈下旨说全真教如果继续躲着不派人应战，那你就看着办，必要时可以强制执行，然后就带着大军走了。
由此看来，直到此时，蒙古的宗教政策还没有发生明显的改变，蒙哥并没有明显的偏袒佛道的任何一方，否则也不会采用这种相对温和的辩论的方式解决双方的争端，而是直接下命令，反正谁敢不听话，大蒙古的铁骑谁不怕？所以虽然全真教辩论失败了，面子也的确是丢了，那又如何？反正我们又没有实质上的损失，反正我就是拒不执行。
眼看着再也拖不下去了，全真教不得不应战，于是在1258年，忽必烈在开平城组织僧道两派重新就《老子八十一化图》和《老子化胡经》的真伪问题举行第二次辩论，这是三次辩论中规模最大的一次。
有的学者称这次是第三次辩论，是因为他们把1256年全真教高挂免战，闭门不出，直接被蒙哥判负那次也算上了，这里需要解释清楚了。
史料记载，这次辩论转到了开平城里举行，开平城位于内蒙古境内，是忽必烈一手建设起来的，后来成为元上都。佛教一方可谓是人多势众，参加的辩论的除了福裕、那摩，还有八思巴等来自各地的和尚三百多位。道教一方以新任掌教、三代弟子张志敬为首，来的道士也不少，有二百多位。裁判和观礼的人也不少，忽必烈派了木华黎、张宗谦等公卿二百多人观战，顺便当个见证人，姚枢、窦黩等高级谋士主持大会。
双方约定了辩论的形式，各自选出了17位精英参加辩论会，“道胜则僧冠首而为道，僧胜则道削发而为僧”。当然了，为了避免彻底撕破面皮，双方的老大就不直接上场开撕了，所以福裕、张志敬不直接上场，那摩国师、八思巴等人也没有出现在双方的对阵名单里面。
双方参赛队员的具体名单，在《至元辨伪录》中有详细记载，就不一一列举了，不过需要说明的是，除了张志敬和福裕没有直接参与辩论以外，那摩和八思巴都参加了，而且八思巴还起到了决定性的作用。
具体的辩论过程也不多讲了，据《至元辨伪录》记载，八思巴是最终为本次辩论画上句号的，他的发难直指问题本质：“《史记》中有化胡的记载吗？”
道教一方众人：“No。”
八思巴：“老子传下来什么经书？”
道教：“《道德经》。”
八思巴：“oK，除了《道德经》，还有别的吗？”
道教：“没啦。”
八思巴心想，真配合，接着问：“《道德经》中有没有讲到化胡？”
道教：“无。”
八思巴：“这就奇怪了，《史记》里没说，《道德经》里也没说，那么你们总说的化胡，就连老子本人都没有说过，那你们是听谁说的？如果真有这么伟大的壮举，那么在《道德经》怎么可能会不记载，《史记》中怎么可能不记载？可见你们所谓的化胡是你们这些后人无中生有，胡编乱造出来的伪经。”
道教：“……”
眼看十七位道士哑口无言，于是姚枢宣布：“此次辩论会，佛教胜！”
当然，以上全是出自《至元辨伪录》，其中自然是对道教一方有所贬低，不过结果与事实还是基本一致的。
眼看分出了胜负，忽必烈宣布：“既然道教不占道理，那么你们这十七个道士就剃个光头，改行当和尚去吧。另外，全真教占的那二百多座寺庙，嗯……”
看着底下福裕给自己比划手势，忽必烈顿了一顿，看明白以后接着宣布：“嗯，是237座都还给人家佛教吧……你们还真能抢。还有，把那什么乱七八糟的化胡经、八十一化图什么的全部烧了吧，刻板也不能留，也烧了。”
败是败了，不过全真教依旧坚定不移地贯彻老赖的传统，一个拖字诀深得太极真谛，玩得那叫一个炉火纯青，但是迫于各方面的压力，也不可能一点好处不让，比如据各方面的史料记载，这座法兴寺在1258年以后归还给佛教一方了。1260年-1263年间，福裕派了一位叫巢云威的和尚去接手并主持法兴寺，不久又请求官方赐名为北少林禅寺，正式成为有身份证的正规旅游景点—嗯是正式的寺庙了，严格说是福裕和尚的曹洞宗的房产了。
1258年二月，在辩论开始之前，蒙哥已经带着大兵南下找南宋的麻烦去了，辩论期间，忽必烈就开始着手准备兵进鄂州，不久也出兵了，这段历史估计道友们也熟悉。1259年蒙哥死在了合州钓鱼山下，忽必烈也同意了南宋的求和，匆匆回军和弟弟阿里不哥争汗位，不但南宋大大滴松了一口气，全真教也因为没人顾得上他们和佛教的这点小事，干脆照样赖帐不执行宣判结果了。所以，第二次辩论虽然也惨败了，但全真教的损失也并不是很大，据说就连那十七位削发为僧的道士，也又重新留起了头发重新穿上了道袍，是不是全都这样没有仔细考证，至少李志全、申志贞、樊志应这三位是有记载回归道门了。
当然了，蒙哥时期的佛道之争，并不是表面上的两教为了那点利益之争，而是一次道教对抗佛儒两家合伙打压的斗争，不仅是宗教之争，还是政治和文化冲突的体现。长远来看，全真教逐渐没落，佛教地位得到了提升，八思巴成了最大的受益人，很快成为了国师，不但个人的地位和声望越来越高，藏传佛教也受益，最终取代了汉地禅宗成为国教。
1260年三月，忽必烈回到了开平，马上操持着称汗，阿里不哥也不含糊，四月在和林称帝，七月，忽必烈提兵就来打阿里不哥了。
兄弟两个的矛盾实际上早就有了，蒙哥、忽必烈和阿里不哥都是拖雷的儿子，阿里不哥是老七，非常看不起汉人，他代表了一大批蒙古贵族的态度，所以他对于重用汉人，推行汉化的忽必烈非常不感冒，这才有了在一帮子贵族支持下称帝的这一事件，当然，皇帝谁都想当。
蒙古人的这次内战持续的时间并不长，1261年十一月，忽必烈大败阿里不哥，1264年四月阿里不哥实在打不过了便投降当了俘虏，从此去唱铁窗泪。蒙古帝国时期的《史集》中详细记载了这段历史，包括当时审判阿里不哥时的各种细节。不久以后，1266年的秋天，正值盛年的阿里不哥病死了，有人认为是被忽必烈暗中害死的，真的假的就不管了。从此，蒙古帝国结束了内乱，1271年，忽必烈取《易经》“大哉乾元”之意，建国号为大元，史称元世祖。
上头在忙着军国大事，自然没有精力管全真教和佛教的争斗这些小事了，所以全真教只是归还了一小部分寺院，小日子照样一副红红火火的样子，直到……
话说1280年四月，大都长春宫与崇福寺发生了一次规模并不算很大的流血冲突，但是它却成为了彻底改变全真教地位的一个导 火 索。
在《至元辩伪录》中并没有说明这次的流血事件的起因，但是说长春宫的道士们“聚徒持挺，殴击僧众”，然后又自己烧了房子，诬告当时的僧録广渊，说是他派和尚们来放的火。当然了，经过一番调查取证，最后把这次闹事的甘志泉几个主要人物砍了脑袋，和尚们还是很不满意，接着又想起来第二次辩论胜利以后，全真教至今也没有执行还寺庙烧经书的判决，于是借此次事件，西蕃喇嘛瞻巴建议，接着去找皇帝告状，彻底清算全真教。
1281年十月，枢密副使张易等奏请忽必烈，说我们研究了一下道教的那些经书，除了道德经是老子亲笔写的以外，其他的都是后来的道士们伪撰的，应该全烧了。这个逻辑就有点过分了，难道佛经就全都是释迦牟尼写的了？这也表明了儒家的加入，共同开始对道教打压了。
忽必烈于是就派张易这帮人，组织佛道两界人士到长春宫无极殿组织了这次辩论，好好考证一下道藏的真伪问题。
参加的除了全真掌教祁志诚以外，还有正一教天师张宗演以及大道教掌教李德和、杜春福等人，李德和就是大道教的七祖，杜福春可能就是玉虚宫一脉的七祖，在前文中有过交代。
这次忽必烈的偏向就很明显了，原来大家还是辩论，相互可以指责，这次完全是一副评估道藏真伪了，这也是全真教一家不可能承担的责任，才有了正一、大道和太一等的参加。
即使是有了其他门派的相助，全真教一方也摆脱不掉接受质问的局面。这次主题除了再次辩论《老子化胡经》《老子八十一化图》以及其他道藏的真伪问题以外，还包括了符箓等方面。有人提出来说，你们道教总是说自己的符箓能捉鬼辟邪，还能水火不侵、刀剑不伤，那么你们几位门派大佬谁给我们演示演示？
忽必烈一听对啊：“来人啊，在外面弄个火堆出来，你们四位就各选一个代表，拿上你们的神符，先试试辟火的能力吧。”
四人连忙求饶，声称都是假的，不能试。
于是忽必烈下令，除了《道德经》和诸子的医药方面的书籍之外的全部道经都烧了，这次的命令执行力度显然比前两次要强得多了，如今忽必烈是皇帝，身份也不是以前所能比的。首先把长春宫里的经书付之一炬，这还不算，又派了人到全国各地去烧，从此全真教彻底失去了和佛教抗衡的实力。
《至元辩伪录》卷六记载，至元二十一年，1284年三月，忽必烈还命令翰林院把这次焚毁道藏伪经的壮举刻碑记录下来，留给后来人看一看，这就是《圣旨焚毁诸路伪道藏经之碑》，碑文就不引用了。
忽必烈对于佛教的重视，除了受到蒙哥时期的佛道之争的影响和八思巴有关以外，还和两个人有关系，海云和尚和刘秉忠。
海云早在忽必烈年轻时就跟随他，并用佛教教义来影响着他，所以算是元朝的开国元勋了，刘秉忠和耶律楚材相似，是个半僧半儒的佛教学者般的存在，是海云和尚的弟子，因此海云就把他推荐给了忽必烈。
海云在蒙古宫廷中一直有很高的地位，早在贵由期间就一直掌管佛教事务，道友们可能没注意，上面讲到过，在《元史?宪宗本纪》中有“以僧海云掌释教事，以道士李真常掌道教事”，前面有点小失误，写成了“掌佛教事”，在此致歉。另外，这里所说的李真常，就是李志常，丘处机的弟子，号真常子，并非笔误。
所以，忽必烈从小就有八思巴、海云和刘秉忠这些佛教高人的陪伴和影响，对佛教有了偏向就容易理解了。