林教主去世以后，三一教大体上分了两个发展方向：学术派和民间宗教派。
学术团体的领头人是他的堂弟林兆珂。这位曾经出过仕，是个正统的儒家，所以从他的角度看，或者从他的心底更愿意自己的这个堂兄兼导师本质上还是一个儒学理论家，搞出来的这个组织本质上和泰州学派、姚江学派是一样的。在他主持出版的《林子年谱》中就没有讲三一教的那些神化、宗教化的玄玄乎乎的东西，而是力图还原一个纯儒学的林兆恩出来。比如从书中对林兆恩的称呼就可以看出一二来，称过先生，叫过吾师，但是却没有用教主、夏午尼氏这类称呼。
可惜这个走纯学术路子的分支没有传承多久，很快就湮灭在历史长河中了，到清初以后基本上就没有人能记得它的存在了。其中的原因就不分析了，学术团体嘛，能有什么前途和潜力，估计道友们都清楚。
形成鲜明对比的是，宗教团体这一支发展得就相当好了，并且有三个分支：
一支是林兆恩的亲传弟子陈标、王兴主导的，地盘主要在福州、徽州、南京一带，但是由于种种原因没有多久也消失了。
二是以林兆恩的亲传弟子张洪都为首的，带领一部分门人北上到北京发展事业。张洪都为三一教也是尽心竭力，倾其所有，家财、精力全都投到了发展教团事业上，可惜成绩一般。他的这一支还有一个叫真懒的人，是林兆恩老年时家里的佣人，也是教徒。有一次他在南京看到张洪都早年在那里修建的一座三一教堂，因为没有人主持荒败得都能拍聊斋了，于是决定亲自主持，并在南京成立了金陵一堂，希望能够为三一教的事业发展做点贡献。
真懒的能力也有限，否则也不会是佣人出身了，所以他们这一支发展的时间不长，到清初也基本结束了。值得一提的是，真懒曾经主持刻印过《林子全集》，现存的崇祯版就是他那时候刻印的。
第三个分支的领导人是卢文辉，这一支是三一教的正统、正宗、正根，因为他是林兆恩指定的接班人，教内称林兆恩为林子，称卢文辉则为卢子。
据说当年林兆恩就非常看好卢文辉，有意传其衣钵，为了增加卢文辉的声势，还专门为他设计了出场方式。为了早日为本教百年大计找到传人，林教主斋戒了七天，早晚祷祝不停，结果第七天早上天降神谕，称未来有一个姓卢的人会来找他，他就是你的接班人。
几年以后，果然有一个叫卢文辉的人来找林兆恩，求他出手为一个朋友治病，二人一见如故，很快就确立了师徒关系。不久，林兆恩在教内宣布，这就是我的接班人，是几年前天定的。
无论这件事是真是假，林兆恩在世时，教内就以“大宗”称呼卢文辉了，包括后来被称为卢子，其实能够从侧面反映出卢文辉的能力是相当强的，否则不可能得到林兆恩的认可，更不会得到教内弟子们的认可。
事实证明林兆恩的识人能力很强，卢文辉各方面的表现都相当优秀，能力确实也非常强，在他的领导下，三一教发展甚至超过了林兆恩在世的时候。
首先，卢文辉加强了企业文化建设，组织人手先后编写了三一教的年谱、传记、实录、行状等，先后完成了《林子本行实录》《林子三教正宗统论》《夏午真经》、《夏午真经纂要》《夏午经训》的编写，还有一些科仪方面的作品。这并不是重点，重点是他对林兆恩，包括《九序心法》在内进行了全面系统的包装、神化，并经过嫡传陈衷瑜，再传董史三代人的努力，把林兆恩彻底变成了一个超神度鬼、解冤释结、书符驱魔、法力无边的神人，《九序心法》也成了一部可以“不药而愈诸病”的神书。
前面讲过，林兆恩是否定神仙佛祖之类的超自然存在的，因果报应、生死轮回、天堂、地狱之类的也都是骗人的，但是这些又是一个教团收获民众信仰必备的因素，没有这些，就没有群众基础。当然了，林兆恩在世的时候，凭借他几十年的人格魅力，三一教是可以很好地发展下去的，但是，卢文辉他们有什么？正因为如此，卢文辉他们才更重视加强三一教的宗教化，所以历经三代教主的改造，三一教不但有了天堂地狱，也有了业报轮回、羽化飞升，也可以长生不死，同时符箓、禁咒、占卜等职业也都有人担负起来。比如当时教内就开发出来“道高龙虎伏，德重鬼神钦”符、“净心神咒”、“净身神咒”、“安土地神咒”、“祝香咒”等等，把道教的符箓事业很是向前发展了一大步，其实更重要的是，宗教性质的三一教更容易吸收百姓的信仰。
其次，卢文辉在教内推行“明训”，要求从上到下必须严格遵守，其实有点类似于现在的学生守则，总共有九条：一、以三纲五常为日用；二、以入孝出悌为实履；三、以士农工商为常业；四、明义利之辨；五、戒饮过量之酒；六、戒斗气之勇；七、戒淫邪之行；八、日搜己过，痛自忏悔；九、每日素餐一顿。
从这九条行为准则不难看出，三一教的世俗性是越来越强，普通百姓都要以理解、认可，而且还不影响教内的成员出去打工赚钱，享受老婆孩子热炕头的天伦之乐，还可以修圣成真，真的是天上掉的馅饼，虽然多了些限制，但是相比成仙来说绝对是物超所值。另外，假如道友们是统治阶级，看到有这样明训的团体也不会刻意打击吧？
教祠中的林兆恩的神像设计也是卢文辉重点关注的，为此他专门请了经验丰富的设计师，经过无数次的修改后确定了林兆恩的形象：头上是三纲巾，脚穿的是五常履，身穿三纲五常衣，两手拱出一个太极，这个形象是绝大多数教祠中的标准。此外，还为规模较大的教祠设计了三身合一像，就是给林兆恩的肩膀上安了三个头，中间的代表儒，左侧头戴道冠，右侧头戴僧帽，明显的一身兼三教。
卢文辉的工作其他还包括引入了道教的建醮仪式，吸收了一些道教的神仙，大约有六十多位，总之，经过他改造后的三一教更像道教了。
日本学者小柳司气太就评价三一教说：“其说乃系道教七八分，佛教二三分，而以儒教饰其表而”，不得不说，这里面做的贡献最大的就是卢文辉。
卢文辉的师兄弟中除了上面讲的张洪都以外，林至敬和朱逢时的表现也非常不错，都写了不少书。在三一教的教祠里面，一般都会把这兄弟四人安排在林兆恩的身后陪祀，如果堂祠规模比较大，这四位则在厅前左右两侧相向而立。
卢文辉死后，由他生前指定的陈衷瑜接任第三代教主。据说陈衷瑜的父母都是林兆恩的弟子，一直没孩子，便问师傅能不能发个功，让他们生个孩子。林兆恩丢过来一部《正宗遗书》过来说，回去念，好好念。二人对师傅的话当然深信不疑，便日日诵读，结果还真怀上了。
陈衷瑜对三一教的改造也做了大量工作，经他组织，教内开始重视研究如何把道教仪轨、斋法和佛教戒律吸收进三一教中，也就是说从他这一代开始，三一教才算是具有了完整的宗教信仰的形态，所以他也被称为“明道开教继承中一三教再传大宗师”。
以上就是学术界视为的三一教的二次嬗变期。
三一教的发展应该说非常成功，后人总结了四条经验：一是林兆恩的个人魅力值很高；二是三一教在抗击倭寇、治病以及赈济灾民方面深得民心；三是历经两次嬗变，选择了宗教化的正确方向；最后一点就是世俗化，因为教内是鼓励结婚生育，提倡教众在家修行，可以从事各行各业，显然不会和统治阶级产生冲突，更利于在民间的传播。
即便三一教很重视世俗化了，但是发展到清代，同样面临着统治阶级的打压，所以发展也受到很大影响。特别是康熙、乾隆年间，三一教一度被禁，所以只能转到了地下悄悄传播。
在地下传播必然会受到沟通、联系不通畅的影响，时间长了，就会在各地出现一个一个的独立发展的分支，不但有祖祠派和三一派等区别，甚至在福建还出现了邪派的苗头，总之就是没有了统一的领导，发展出来的小教团形形色色，什么样的都有了。
这种乱象一直持续到民国初期，莆田出现了陈智达、梁普耀师徒二人，希望重整三一教。他们成立了一个称为悟本派的组织，宣称要弘扬三一教。
后来又有一个叫做刘开怀的人，组织了一批信徒开始改组三一教，重新制定了教规，编写经书，设计本派的仪轨，同时通过大力发展慈善事业力图扩大影响。因为他们的主要活动中心是在莆田函三堂内，所以学术界称他们为函三派。
总之，在历代弟子们的努力下，林兆恩的三一教一直在努力发展，信徒数量一直非常庞大。清末民国时期，三一教随着外出的华人远播到了海外，不仅在东南亚，欧美也有传播。
现在，福建还有大量三一教的教堂和教徒，有人统计过，仅莆田市就有1285座教堂，信徒八万多。海外，主要是东南亚一带三一教也非常兴盛，马来西亚、新加坡有数万教徒，教堂都超过一千多，仅吉隆坡就有120座，这些都是海外华人寄托思乡之情的纽带。
每年农历七月十六是林教主的诞辰日，莆田各地村民还会组织一些纪念活动，海外也有大量香客专程赶回来参加朝拜，林兆恩的影响力可以说仅次于湄州妈祖了。
最后，有一本关于林兆恩和三一教的小说和道友们说一下。在林兆恩去世的前后，江湖上就流传了这本小说，名字是《三教开迷归正演义》，不过林兆恩不是书中的主角，只在开头、中间和结尾提到过三次，但是小说总体上是以三一教为背景，以林兆恩为灵魂的，宣扬的也是三一教，把神魔、人性、世故融为一体，抨击和讽刺了社会的现状，对于研究三一教还是有一些参考价值的。
以前，如果想找这部书看还是非常困难的，因为某些原因，这部书曾受到焚毁，所以在国内几乎绝迹了。所幸在日本天理图书馆有一部万历年间的白门万卷楼刊本，直到1991年，上海古籍出版社在整理出版《古本小说集成》的时候，把日本这套书影印过来，唯一缺憾的是第二十回和二十五回各少了半页，有兴趣的道友可以找来翻一翻。