接下来的三序被林兆恩称为入门功夫，所谓明伦立本，见性入门，为的就是要明心见性。具体的功法有敦仁、采取和凝神气穴。
第四序安土敦仁，以结阴丹
安土敦仁出自易经系辞，“安土敦乎仁，故能爱”，林教主的学问还是很令人佩服的，把儒家经典无缝和道教的修炼联系了起来，虽然做了一些变化，但又那么自然。比如这里的安土是说五行的中央土，就是上面所讲的心脐之间的那个位置。仁的意思也不同，是指经过前面修炼以后得到的一点灵光。这一序的目的就是要不断使这一点灵光变大变强，最终发生质变，结成阴丹，也就是说，这一步的功夫是否成功了，就看是不是结成了这颗阴丹。
大概的功法是挖个坑，埋点土，浇点水，上点肥……把这点灵光的仁放在土里面，然后用坎水里面的真阳使劲炼补离火中的真阴，就是以坎水济离火，使未既变成既济，就是从水下火上变成水上火下，这样反复锻炼下就结成了阴丹。
林兆恩所说的阴丹前面没有讲到过，实际上就是一团内息，功行如意后，这团内息是不会散到四肢百脉中的，而是可以随神识周流百脉，心、肝、脾、肺、肾五气相通，差不多相当于内丹学中的五气朝元的境界。另外，如果感觉哪里有了病痛，只要引导它在那里转几圈就行了，而且功夫深了以后，甚至可以用它来给别人治病，这就如同武侠小说中的用内力助人。
为什么称为阴丹呢，因为离中的真阴还没有被完全炼化，如果完全炼化了，那就是成就了纯阳之体，所以这一步可以看成是过渡。
第五序采取天地，以收药物
什么是药物，就是阴阳二气，“药物者，先天地祖气，即一阴一阳也”。祖气就是体内的先天之气，是元阳之气。结成阴丹以后，这本就是逆天而行的，所以阴丹不但要时时用取坎填离的功夫，用体内的阴阳二气温养，还要借助天地间的阴阳二气来温养，否则是不足以温养这颗阴丹的。
天地间的阴阳二气如何采呢？大概的功法是先找个条件好的环境，楼上楼下孩子哭大人闹的环境是绝对不行的，最好有山有水，清幽雅静，能有个洞天福地是最好的，这就是前面讲到过的财法侣地的范畴。接着在子、午时开始入定，因为子时一阳来复，午时一阴来姤，此时身不动，意不动，然后意采天地阴阳二气，事半功倍。
经过这一序的内外温养，做好了结阳丹的准备。
第六序凝神气穴，以媾阳丹
这里所凝的神，就是这颗阴丹，实际上就是内丹学里面的药物。神不能受干扰，所以需要藏起来，藏在哪呢？地方就是气穴，具体位置是在两肾之间，所以有“金丹大道，借肾为发生之地”的说法。这一序要求收视返听，静心澄虑，神气互融、性情成片而结成阳丹。
最后三序统称为极则，大概就是说下面的功法是最高级、最上乘的了，学起来会很困难，非有灵根不能学，非有大智慧、大毅力不能成功的，当然，学成之后也就有了通天彻地的大神通。
第七序脱离生死，以身天地
从开始第一序艮背止念到第六序凝神媾阳，其实都算是入门的初级功夫，还属于凡人的阶段，从第七序就可以成就长生的伟大愿望了，怎么能不吸引人去追求去修炼呢。
如何超脱生死？林兆恩说人的心是不会死的，人之所以会死，是受肉身所累，如果能找个用不坏的身体就可以不死了。这个观点前辈们早就提出来了，要不也不会修外丹、性命双修了。经过无数前辈们探索后发现，这具肉身如果修成与天地同寿着实有点困难，那么就换个思路，找个最靠谱的鼎炉代替肉身，所以就有了“以身天地”，把我的心修炼成为这方天地的心，天地不死，我也就不死了，真正可以与天地同寿了。
这一想法的产生还是有依据的，就是天地和身体的本质是一样的，都是由气组成的，这是相通的，所以林兆恩认为通过修炼阳丹，就可以把“我之心”变成“天地之心”，天地不死，我就不死了。后代门人们解释了，林兆恩这里所说的心，实际上就是内丹学里面讲的元神。
这一序的功法大概就是意念控制所谓的一白一红两颗珠子，在气海和顶门间往复运动，至于为什么是两颗珠子，为什么一白一红，为什么来回动，详细的功法就不得而知了。
第八序超天出地，以身太虚
按理说心和天地融为一体了，都与天地同寿了应该满足了吧？在有志向的人眼里，天地也是有边界的，容不下我的心，天地也有消亡的时候，只不过比人的寿命更长一点罢了，志向高远的人怎么能止步于此呢？
于是，第八序给出了更高的理想和目标，超脱出这方天地。要知道，天地还是有形有质的，这就难免有损坏的一天，而天地外面是一片虚无，是比天地更广阔的存在！关键它是虚的，所以也就没有边界，没有毁灭，这不是比天地更适合作为肉身？要是把心修炼得以太虚为体，那不就真的可以长生了吗？
这一序的功法也有只言片语流出来，意念控制前面那红白两颗珠子的同时，这一序又增加了一颗黑色的珠子，同时让这三颗珠子在顶门和气海间转悠就行了。
第九序虚空粉碎，以证极则
如果你想着超脱了天地之心的境界，升级成了太虚之心，这样已经达到了极致了那就错了，虽然能做到这一步已经不错了，但并不是没有升级空间，还没有达到真正的、传说中的无以复加的极则之境呢。为什么这么说，太虚不是还占一个虚字嘛，所以这还是一种无相而有相的层次，只要有相，就不可能真正永恒。
那么什么才是极则？就是要空相俱泯，不知有相，不知有空，不知虚空，无空而无不空，无虚空而无无虚空。相信道友们能想起来前面讲过的坐忘了吧。
要达到这种超越了三教的极则境界，只有在虚空中粉碎一条路，此时意念中只有黑白两颗珠子转圈玩，而人呢则进入到一种“何思何虑，无意无为”的状态中。
如果说以前修炼出阳丹以后，就炼元神出窍，周流宇宙间还比较好理解，毕竟现代的修真小说也是按这个套路写的。可是林兆恩的想法更玄，坐在那意念可以发散出去，不但笼罩了整个宇宙，连宇宙外面的不知多深远的虚无都可以包容进来，至少三教圣人是远远做不到的。
以上就是九序心法的大概内容，有儒家的“志一动气”，有佛教的“观想”，有道教的炼精化气，炼气化神，炼神还虚，有结丹，有长生。总体上看，这套心法的第一至第三序是儒家的静坐之法等，第四至第六序是道教的内丹功法，第七至第九序则是佛教禅定涅盘等，所以更加唯心一点。
抛开这些过于玄奥的心法，作为三一教的宝典，《九序心法》从内容到形式基本上和道教的内丹功夫一样，实质上就是以内丹理论为基础的，以儒为本，以炼性为门，以虚空本体为极则的，出世和入世相融合的一套理论，虽然林兆恩自称这是一套孔门心法。
作为一门心法，只有入教以后的门人才有资格修行，修炼到最后是不是真的能够长生不好说，至少前面的养生的功夫还是可以，修炼后确实能够达到强身健体、祛病延年的效果。
但是另外，这套功法还宣扬了伦理道德，在稳定封建统治，特别是福建倭寇肆虐的苦难下，给底层人民提供了精神慰藉，同样为三一教争取了一些统治阶级的认可，吸收了大量的信徒加入。