傅山对明朝的家国情怀是真挚的，对满清肯定不会有什么好感，所以有人说傅山是以遗民身份入道的，是为了利用道士身份，掩护反清活动，保持明人的气节和操守，至少可以保住一头长发，因为留发不留头嘛。
其实傅山入道有很多原因，除了在改朝换代这样的历史洪流面前感到自己的无力和渺小以外，比如前面讲到他父亲久病不起时，最后是去文昌庙里求问仙药才治好病的，从小就对道教产生了崇拜。父亲英年早逝以后，傅山一直渴望自己能有仙术仙药，让老母延年益寿，自己学道不就有能力炼药了嘛。还有，傅山很早就开始反感宋明理学那种灭绝人性的禁欲思想，所以开始研究道教的符箓、典籍，特别喜欢老庄，就算是外出时手里也会带本老子，由老庄进而喜欢道家的思想是必然的。而道家那种超然物外、顺应自然的洒脱显然比死板的理学更具吸引力。
当然了，傅山入道避世的思想应该是占着主导作用，为什么这么说呢？请道友们注意1陆44年这个特殊的年份。
这一年有四个年号：明崇祯十七年、清顺治元年、大顺永昌元年、大西天命元年，老话讲天无二日，国无二主，崇祯、顺治、李自成和张献忠这四位在这一年都是皇帝，一个老牌皇帝加三个新皇帝，四个政权并存，意味着国家不再完整，人命不如草芥，所以史学家把这一年称为甲申国难年。傅山曾有句诗：“本自才情人，遭际令独立”，可以反映出他面对当时的天灾人祸时的心境。
很多人喜欢研究明末这段历史，每个人都有不同的观点，否定明朝，把主要责任推给崇祯的有，为崇祯开解，把责任推给小冰河期的有，把责任推给东林党的有，把责任完全推给李自成的更多，特别是现在有大量的穿越明朝的网络小说，大多都完全否定李自成的农民军。至于满清入关，那是因为你太弱，人家打你反而是正常的了。也许有道友会说，战国、南北朝和五代十国不比明末乱？三国时期也很乱，怎么没有评个国难级别？您不能忽略一个重要的方面，最后是不是汉人掌握了天下。无论如何，明末清初，对于整个汉民族来说的确是国难，在这样的大势下，就算傅山是神仙又能起多大作用，当然他更希望自己能修成神仙，能够打跑满清人吧。
接着说这一年，这一年发生了很多大事，这里主要说两件。其一是李自成一月在西安宣布我就是老大了，不久就很兴奋地率领着一帮子兴奋地农民军兄弟们沿着山西一路向北京打过来，就是从傅山家路过的。农历三月十八，李自成打进了北京的外城，第二天崇祯自缢。第二件大事是6月5日多尔衮打进北京，接着9月顺治来到北京，清军开始攻略中原。
这两件事分别发生在上半年和下半年，而这一年恰好是傅山进山拜师入道的时间，所以，他是上半年进山的还是下半年进山的，一春一秋进山的目的是完全不同的。
有人说傅山是春季入山的，所以推断出他是为了躲避李自成的军队。更多的人则认为他是秋季进山的，那么这就意味着他入山是为了躲避清军。当然了，两方面都有一些证据来证实自己的观点，这里不多讲。那么同样都是为了躲避军队才进山修道的，这里面又有什么区别呢？有人分析了，如果是傅山是为了躲避李自成而入山的，那么加入道门就和反清复明没什么关系了，纯粹是为了自保，又喜欢道教。如果他是为了躲避清军入山，那么肯定是为了暂避，为了将来能够重出江湖，反清复明，是一种不忘故国，决心效仿张良为国复兴的信念。至于加入道教，则是为了有个身份当掩护，也为了不被强制剃头，否则他也不会以轩辕道士自称了。
相对来说，支持后者的学者占多数，可以通过对傅山的一些诗作分析他的心路历程加以佐证。在这样的背景下，加上父亲、妻子及家族很多亲人相继离世，对他的打击非常大。特别是崇祯十五年（1陆42年）流行的大瘟疫，傅山几乎死去，全靠哥哥傅庚照顾才挺了过来，但是哥哥不久就病故了。这种末世般的现状，亲人的离世，使傅山对郭静中的道门生活非常向往。
传说傅山入道以后还曾经得到过龙门派丹亭真人的金丹传承，不过相关的记载很少，真伪不辨，不过他对丹亭真人的功法，特别是养生方面的东西做过整理，并亲自手书记录，包括《丹亭真人养真秘籍》《丹亭悟真篇》《傅青主丹亭问答集》《丹亭真人卢祖师玄谈集》等，所以从这方面推测的话，这件事应该是真的，也是傅山在内丹学方面成就的一个证明。
傅山入道后，平时也会抄录些道经、佛经，有时也会给人家做些法事，暗底下联络各地的反清志士，但是总体上反清大业一直没有什么成绩。
顺治五年十二月，大同总兵姜镶起兵，打出了反清复明的大旗，很快就一路南下打到汾州。不过因为姜总兵这事弄得太过突然，包括傅山在内的各地志士们都有点没反应过来。傅山听说以后就感觉这次行动结果不乐观，主要是这一干大小头目都没什么水平，都不是那种会玩权谋的人，更不知道利用士人的重要性，要不早就过来先问问他，或者请他出山共襄大计，唉，这点眼界怎么可能走得远。果然很快姜镶就兵败了，傅山也失去了几位反清的同道，恢复明朝的重任更加艰难了。
几年以后，到了顺治十一年（1654年），就发生了朱衣道人案。大致是这样的，当时有个叫宋谦的人，曾经以道士身份到各地联络反清志士，听说傅山以后便两次到山西来见他。顺治十一年三月，宋谦在河南被抓，这家伙骨头也不怎么硬，三下两下就把什么都招了。他的供词中有一段是这样的：“傅青主，太原人，生员，今已出家作道人，身穿红衣，号为朱衣道人，年五十岁，在汾州一带游食访人，系知情”。
游食访人的意思就是负责联络反清复明的人，有了这份供词，傅山还能有什么好下场，结果六月傅山便被关进了太原大狱，儿子傅眉在老家阳曲县也被关了起来。好在经过亲朋好友们多方奔走，又有一些官绅暗中发力，第二年七月傅山便无罪出狱了。
在狱中的一年时间，傅山也静下心来想了想自己的以往和未来，整理了自己的理论思想，抄了不少经书，有道经，有佛经，特别是《三官真经》和《金刚经》，结果抄出了体会，说这些经书都有神异，更加坚定了敬神礼佛的信念。
由于有了这次朱衣道人案，出狱后的傅山行为就有点敏感了，官府对他的监控也比以前多了些，所以要想仍然和以前那样自由地行那反清复明的大业基本上不行。于是傅山动了出去看看的念头，也许富庶的江南更有反清的群众基础，不过还是要亲自看看才有数。
全真派是鼓励弟子外出游历的，所以傅山外出也是一种修行，以前出去的次数也不少。顺治十三年，傅山南下江南，主要活动在江苏一带，结果大失所望，江南的人民生活较北方好得多，这年头只要有饭吃，谁会提着脑袋造反去啊。在南游期间，他还拜访了不少高僧、名道，和他们交流些性命双修的学问，也算有所收获吧。
一般来说，学术界也认为这次南下回归后，他对反清复明就失去了信念，于是隐居在太原东山下的松庄，自号松侨，表示自己是明亡后的无家国的侨民，开始了侨隐生活。侨有侨寓的意思，傅山在不同时期有几个与侨有关的号，他自己称是“不大不小”的隐。
当然了，无力反清并不是说傅山从心理上接受了满清，认可是清人的身份，所以他开始写些诗文来表达自己反清志向未变的想法。在隐居的那段时间，好多文人志士来到山西拜访他，其中就包括顾炎武。
有一次，顾炎武又来看傅山，此时他已经59岁了，却一直没有子嗣，傅山便给他看了看，说你没问题，只要努力，只要有信心，儿子肯定会有的。出于对亦师亦友的傅山的信任，更主要的是傅山的医术是极高的，在当时有医圣的美称，于是顾炎武就纳了一个18岁的小妾。以后的事就不清楚了，反正民间有好多传说，比较多的一个版本是老顾最初沉迷女色，搞得身体受不了，于是迁怒了傅山，要儿子的事情也就半途而废了。
其实傅山也是出于好心，古人对于无后这件事是很看重的，他本身就是医道高手，要不怎么会有《傅青主女科》《傅青主男科》这样的传世医书呢，所以应该是真想为老朋友解决传宗接代的大事。
除了上面这两部医书以外，傅山还有《产后编》《傅青主小儿科》《大小诸证方论》和《黄帝内经素问批注》等医书传世，他曾经说过：“医家之术，神仙之道，天地之运，思过半矣”，在他看来医术和内丹学是相通的，都可以放大到宇宙这个层级理解，用阴阳二字解释。
行医方面，傅山在民间有很多传奇性的故事，随便举一个小例子：“一妇妒，恶夫有所昵，忽患服痛，展转地上，不可忍。其夫求先生，令持敝瓦釜，置妇床前，捣千杵，服之立止”，意思比较简单，不过这是一个典型的心理疗法的病例，医圣一句话不但把病治好了，而且还处理了夫妻感情。