几天后，当阿莱克修斯从信使那得到巴赫奇萨赖那的回信后，据说气到当场昏阙。与此同时，曼努埃尔为了他的改制计划，特地回到了曼古普一趟。
当父子二人见面时，先是寒暄了几句，随后就进入了正题。
“父亲，按照巴赫奇萨赖的无礼回信还有他们整顿兵马及放任马匪的行动，依愚见，鞑靼人南侵的可能性不低。”
“那么，曼努埃尔，你有什么对策吗？或者换句话来说，你这次来找我，肯定是发现了某些对敌之策而来的吧。”阿莱克修斯微笑地看着他的长子，期望他能拿出什么能让他眼前一亮的事物。
“是的，父亲，我有个不成熟的想法。”说罢，曼努埃尔就取出了他这次带来的详细改制计划书。
阿莱克修斯见状有些迫不及待地接了过去。良久，大致浏览一番后，他才揉了揉他那因计划书酸痛的眼睛，满意地说道：“这是革新啊，曼努埃尔。不过这样子的话有不少旧事物就要被颠覆了。”
“父亲，要抵抗鞑靼人就要改制，而改制不是请客吃饭，不是做文章，不能像过去那样从容不迫。改制是一场剧烈的变动，现在是鞑靼人有南侵迹象的窗口期，可以说是最好的时候。”曼努埃尔正色道。
“你想借鞑靼人的压力来迫使全公国接受你的改制计划。”阿莱克修斯敏锐地察觉到了曼努埃尔的意图。
“是的父亲，船小好掉头，现在是最坏的时机，但也是最好的时机。”曼努埃尔对此相当直白。
随后二人对视着，沉默了许久。半响，阿莱克修斯才有些头疼地下了决定，“先从狄奥多西亚开始吧，曼古普这里有些地方比较麻烦。还有我的建议是先从军制开始，而不是财政土地税收。”
“是，父亲。”
回到狄奥多西亚的行宫后，曼努埃尔立即召集了新军部的高级官员与土地财政方面的要员，要借商讨鞑靼人的形势来强行通过军制改制。
在几名高级将领先行抵达后，曼努埃尔便立即发表了他的高论：
“如先前会议上所述，我主要打算以战争来佐助外交。但若是军事力量不足，那么我们的这些尝试，也不过是空中楼阁罢了。”曼努埃尔这话犹如一盆冷水泼在了在场众人的头上。
半响，众将尽皆沮丧下去，“可是殿下，除了菲拉卡军团，我们好像完全没有一支军团能与鞑靼人对打吧。”
“我们太弱小了，没有力量。”
“无所谓，我会撤退。”
“没错，谈，大门打开；打，我第一个跑。”
“全部住口啊，一群虫豸！”这是什么失败主义谋士发言啊！曼努埃尔差点被气晕倒地。“刚刚那几个大喊逃跑的全部给我剥夺半希腊亩封邑。”
“殿下不要啊，殿下我错了，我开玩笑的！”
“俺也一样！”
刚刚那几名大喊开战就润的几名将军连忙俯首认错，上表忠心，苦苦哀求。在他们的接连不断的请求下，曼努埃尔最终撤回了他那决议，但还是扣了他们半个月的军饷。
“好了，谈正事吧。“曼努埃尔扫视了众将一眼，确信他们在安静认真地听他说话后，他才缓缓吐出了他的对策，”为了解决这一严峻的形势，我决定加深军事制度上的改制。”言讫，他从桌上取出几份早已备好的改制方案，待到土地财政方面的要员到来后，要与他们正式共同商讨军制的改善改良。
在相关领域的要员到来后，眼见人都到齐了，曼努埃尔便把他所做好的军改计划书展开于桌子上，开始与他们讨论起如此方案的实际与否，还有执行的力度问题。
按照曼努埃尔的初步设想，理应分发那些无主荒地与无用土地，让图哈罗夫斯基手下那支原城市士兵，现在被更名为城防军，各自分得两到三希腊亩的土地，平时作为农民进行耕种，当然，要是同时从事些非农业活动也是允许的，战时则拿起武器、穿上甲胄参加军队。必须强调一点，战时参军对他们而言是强制性的军役，而土地则是赋予他们的权力。
而原民兵总体上仍没有太多变化，但城市的所有成年男性市民每月必须定期参与为期一日的军事训练，不愿意参加的，要么花钱免服，要么去蹲尤日内狱。以此确保民兵也能有些战斗力，至少不要像那种征召兵拿把草叉就呼呼呼地冲上去送人头。
至于先前已经存在了的小领主们，仍旧承认他们的固有权力，但要求他们战时亲自作为骑士参军，这是不可用金钱回避的义务。至于武器军备？当然他们自己备好啊，不然要那么大的封地干嘛。
但这只是草设的方案，具体的政策政令，由于其重要性，曼努埃尔足足与相关要员们探讨了足足一周才定下来。最终，这份被后世称为《狄奥多西亚军制改制法》的文书政令正式发布时，其内容与最初方案相比，有些许差异：
前后区别最大的就是常备农兵的条例，相比于原方案，他们的土地现在有了不少硬性规定，比如非经曼努埃尔本人批准，不得私自转卖出售与他人，一经发现直接判处剥夺军籍、土地与财产，同时发配刻赤地峡；不过土地的打理允许他们暂时外包给他人，但外包时间一年内严禁超过九个月；此外土地禁止世袭，他们的地只能用一代人，如果想留与后代，那么他们的后代也必须参加常备农兵；而且他们也不是这些土地的真正主人，这些地真正主人是曼努埃尔为首的加夫拉斯家族，农兵只有土地使用权与农产品自留权。换句话说关于这些土地，曼努埃尔本人有最终解释权。
这些条例公布前，曾有问曼努埃尔是否过于苛刻，但曼努埃尔只是和熙地笑道：“就这些土地，多少人想种还没门路呢。”
民兵方面就没多大改动了，只是扩大了下免除军训的人群，包括面包师、刽子手、官员等等。同时规定了，参与军训的当天，当日的伙食由狄奥多西亚官方提供。虽说有点烧钱，但好在有奴隶贸易在，狄奥多西亚还是支撑得起的。
至于领主们，大多数如常，但允许了出钱免服兵役，但这笔钱数目很大，看情况在3k~7k杜卡特左右，一般的小领主是出不起的。同时也允许他们不自备装备，而是出钱从官方手上买，当然是否实惠就要打个问号了。
此法令一出，有人欢喜有人愁，分到土地们的民兵感恩戴德，城市贫民为了一月内能有一顿饱餐而欣喜若狂，更有甚者已经开始把储君殿下曼努埃尔称为“我们的小爸爸”；但那些小领主们倒是多有埋怨之声，但出于新军制实质上并不违背东西欧经典封建义务，也不是不能接受。
就在狄奥多西亚的军制改制如火如荼之时，感到形势大好的曼努埃尔决定顺势推行一些改良后的军队阵型。