在巨大的压力之下，素以“老成持重”着称，实为“好好先生”的申时行也不能坐视不管了。
严办张居正，毁掉他一生名誉，抄没家产，将他全家抓起来拷问，张敬修自杀身亡......这一切，实际上早已偏离了最初的设想，太过分了！这些人的行动简直是在犯罪。再折腾下去，后果将严重到不可收拾的程度！
平心而论，张居正在职期间曾对皇上、朝廷做出过巨大贡献，对小皇帝的成长起到过至关重要的作用，促成了整个国家的和平稳定、长治久安——所有这一切，都是众所周知、不可磨灭的。放任“倒张”恶浪继续蔓延，对他这位首辅来说，也简直是纵容一桩滔天罪恶。
况且，还有“唇亡齿寒”、“兔死狐悲，物伤其类”之理。眼下自己身为首辅，坐得正是张居正曾经坐过的位置，职务正与张居正相同。如果自己一旦下台，会不会“墙倒众人推”，遭受类似张居正及后人的灾难......
还有一个因素就是万历皇帝的贪欲。当看到东厂搜到张居正的金银财宝之后，脸上不是惊讶、痛恨，而竟然是两眼放光——这是他亲眼看到的。申时行自己的家产虽然同张居正比差得多，但因他做官多年，也广有田产、财富。眼前这个翻脸无情的皇上，是不是也会像惩治张居正一样对待他呢？
申时行不寒而栗，不敢再想下去了。作为“一人之下，亿万人之上”的首辅，他必须出手了。不然，他将成为时代的罪人！
他当即起草一道奏疏，代表六卿大臣呈送万历皇上，要求实事求是评价张居正，要肯定此人在辅佐皇上方面的巨大功劳和对国家的贡献。
疏中还说，他在世时的确犯过一些错误，在执行、“考成法”、“一条鞭法”过程中也产生了一些偏差，但有些改革是新的尝试，不可避免的、必须付出的代价。把错都记在他的头上，显然是不公平的。
必须马上停止对张居正后人的惩治，将一部分财产发还。堂堂朝廷、亿万人之上的皇上，如果不能正确地对待张居正后人，岂不是“过河拆桥，卸磨杀驴”的不义之举？那样，会使皇上和朝中百官陷入不仁不义的地位。一心事公，到头来却引来被严惩、抄家的惨祸！继续下去，满朝文武，谁还敢替皇上分忧、做事？更谈不上为皇上卖命了！
一向奉行明哲保身的首辅申时行，由于感到自身潜在的巨大危机，终于仗义执言，做了一件雷厉风行、主持正义的好事。
刑部尚书潘季驯专门向万历呈上奏疏，要求姑念张居正生前功劳，功罪相抵，网开一面，对其后人宽大处理，以此体现皇上对朝中大臣的安抚。疏中言辞极为恳切，情绪殊为激烈。
官职低微的赵南星等人也联名上疏，要求公正评价张居正，给已故首辅后人施以怀柔政策。申时行草草地看了两眼，与同类奏疏文摞在一起，准备再次向皇上提交。
他虽然与赵南星只有一面之交，然印象较深。记得他曾因开水田这件事专门找到公厅，当时他钦佩他的胆识和智慧。当然，对于他与其他官吏共同提的建议并未采纳，而导致京东开水田的大事告吹。但是，他对这位年轻人的闯劲和见识还是首肯的。
是啊，年轻人的想法或建议或许不成熟，但他们的进取精神是可贵的。而老年官吏，饱经了世事的残酷与磨砺，会变得老奸巨猾。特别是升到一定级别和职务的官吏，容易瞻前顾后、左右摇摆。长期下去，会将进取精神消磨殆尽——指望这种官吏搞什么改革，是不现实的。
申时行想，在日后选拔官吏任职时，要把进取精神写进遴选条文，并切实执行。国家要长治久安，必须配备一些敢想敢干的中青年官员。不然，整个朝廷就会循规蹈距、死气沉沉。
唉，自己这一生，就是参透了明哲保身、处处怕得罪人的处世哲学，才变得畏首畏尾，小心谨慎的。皇上正是看到他处世圆滑、为人油滑这一点，才提拔他当首辅的。眼下，他虽然身处高位，却不被人们敬重，也是由于这一条致命缺点造成的——唉，教训哪。
那天，抄没张居正家金银财宝的车辆运抵皇宫。万历简直被那些金银珠宝、绫罗绸缎和名人字画晃得眼睛有些发晕。他摸着油光水滑的锦缎乐得合不上嘴儿，对妃子们说：“这些上等锦缎，为卿等做些礼服不正好吗？”
妃子们用手摩挲着，一个个心花怒放。她们议论着、赞叹着，真是爱不释手。
正在这时，申时行代表六卿大臣和刑部尚书潘季驯，把大小官员所写的奏疏向万历呈上。
万历草草地看了两眼，大概有点良心发现，也可能忆起了张居正和冯保共同辅佐他成人的岁月，脸也由心花怒放变得严肃起来。他说：“就照你们说的办，你去草拟御旨吧。”
片刻后，申时行将墨迹未干的圣旨呈上。上面写道：
“查逆相张居正生前专擅威福，揽权纳贿，诬陷忠良，确有罪错。今姑念其对皇上早年的辅佐之功，又兼八十老母风烛残年，故从轻发落。着削去官职，追夺玺书诏命。其弟都指挥使张居易，其子张编修、嗣修、懋修俱谪贵州六盘水戍边。其家产尽充公。诏留空宅一座，地40顷，财产若干，赡养其老母。吏部应搜检被张居正贬谪官员，务必官复原职，才能卓越者可升迁。
钦此。
万历11年5月
就这样，生前威名显赫、炙手可热、功绩卓着的一代名相，死后不过半年，就遭到了如此悲惨的下场。特别是张居正的三个儿子被押往贵州烟瘴之地那天，年届八旬的老奶奶，拉着三个孙儿的手，哭得昏死过去。围观的百姓目睹此情景，不禁掩面而泣，场面十分凄惨。