自己当年在朝时最恨的就是乡官干政、包揽词讼，曾专门上过《四害疏》。如今自己被罢官，回归故里，也成了乡官。回乡之时，就下了决心，凡是干涉官府办案之事，一律不管不问，如今为百姓冤情，应不应该破了自己定的规矩呢?
高镜源见老师犹豫不决，猜透了他的心思，便说：“先生，咱们为董家鸣冤是路见不平、拔刀相助的义举。您眼下是平民百姓，也没有官职，怎能与乡官干政相提并论呢?”
南星见自己的学生说得有理，也觉得确实应该站出来为董家说句公道话。但他又觉得世事艰难，心中确实没有把握，便征询意见说：“要不咱试试看？”
高镜源见老师动心了，心中十分高兴，就又撺掇说：“只要老师把案情写明，送至府衙，还怕他不派人来审理？我相信，总不能每个官员都贪赃枉法吧？”
南星点点头说：“为民伸冤，责无旁贷。也只有这样办了。”
他和高镜源二人返到元氏，秘密地调查、访问了知情人，细察此案真相，暗中取了一些证词，然后将前因后果写得清清楚楚，明明白白，并附上董腾蛟的状纸及知情人的证词，封好后派人送到真定府衙。
真定知府原先曾接到元氏知县的呈报，也觉得有些疑问，想抽空派人前去调查核实。现在看到南星的书信、董腾蛟的诉状及众人的证词，知道可能此案有冤情。于是就听从南星意见，委派获鹿知县前去复查此案。
获鹿知县任光统也是一位清官，他素来敬慕南星的为人、为官，事前曾接到南星写来的亲笔信，又见上司派自己查办此案，便决定查个水落石出。
任光统公正执法，不为元氏知县所惑，深入民间，明察暗访，终于真相大白。经呈报真定府批准之后，对此案做出了公正判决：将恶棍无赖耿志道夫妇判了重罪；查明元氏知县贪赃枉法，包庇罪犯，上报朝廷将其革职查办；董腾皎为姑申冤无罪释放，还给秀才前程；董氏不畏恶棍淫威，追赠节烈，给予旌表。
宣判那天，百姓们从十里八乡赶来，观看真定府惩恶扬善的义举。整个元氏县城真个是人山人海，摩肩擦踵，热闹非凡。
书生董腾蛟被释放之后，“扑通”跪下，对真定知府、获鹿知县满心感激，口称“青天大老爷”。得知赵南星为他奔走申冤才被无罪释放的经过之后，董腾蛟感激涕零，称南星是“赵青天”、“再生父母”。
在场的众百姓见南星虽身处逆境，不但不颓废消沉，全不以个人荣辱为念，勇于为百姓伸冤，实在是一位正直无私、令人钦佩的大清官。大家不禁啧啧称赞。南星的名字，在家乡父者心目中，更加响亮了。
万历年间的中后期，朝政愈加黑暗、腐败、沉闷。其时，被视为眼中钉、肉中刺的东林党成员们，几乎被驱逐殆尽，只剩下那些隶属于齐、楚、浙和昆党的官僚们，在朝中呼风唤雨，兴风作浪。
这几个最大的党派中均以地域划分，齐党则亓诗教、周永春、韩浚、张延登为首，而刚刚中进士入朝的赵兴邦归附于齐党；楚党则官应震、吴亮嗣、田生金为首领，蜀人田一甲、徐绍魁附之。浙党则姚宗文、刘廷元为首，而商周祚、毛一鹭、过庭训等人依附之。
这几个党派专门以互相顷轧、排斥异己为能事。
可以说，朝中这种混乱局面和万历皇帝有直接关系。万历3 6年，神宗皇帝已经4 6岁了。然而，由于长年累月沉溺后宫，眷情恋色，饮酒过度，他的面相看上去比实际年龄要老得多，说未老先衰也毫不过分。
尽管人参、燕窝、灵芝补品之类吃了不少，但仍未见什么起色。屈指算来，万历皇帝已经有十八、九年没有上朝了。内阁首辅沈一贯在任几年，也仅见过三、四次，这在历代皇帝来说，可谓登峰造极了。
万历皇帝不但不想上朝，就连大臣们的章奏，也懒得去阅批。内外所进章奏，一律“留中”，保存章奏的府库，简直成了废纸、垃圾堆。
各党派之间互相谩骂、倾轧、攻击，如果皇上从中裁判，是非曲直，自有分晓。万历将一切章奏“留中”、置之不理后，因无人评判，也就没了是非。
皇上对朝中事务采取冷眼旁观、不闻不问、放任自流，导致这些以地方党派划界的争斗日渐恶化，客观上起到了推波助澜作用。
御史郑继芳素与王元翰有积怨，便连连上疏，攻击王元翰贪赃枉法。
王元翰本是清官，见郑继芳用这些子虚乌有之事攻击自己，先是置之不理，以为是非自有公断。
过了许久，皇上既不出面裁决，更不派人调查，甚至内阁首辅也不站出来为他说句公道话。而郑继芳还在连篇累牍地上疏言事，攻击不止。
愤怒至极的王元翰气愤不过，遂连夜写了奏疏，反击郑继芳。
首辅叶向高将二人疏文送给万历皇帝，想请皇上批示后发部院评判曲直。
然而，疏文一到皇上那儿，便泥牛入海，没了下文。
是非无人评判，二人便对对方愈加痛恨，相互攻击不已。郑继芳攻击王元翰贪污受贿几十万元。还派人潜伏在元翰私宅前，观察动静。
元翰发现后，愤怒不已，索性把自己盛放杂物的破箱子、破筐子用车拉到皇宫门前，让官吏们检查，当场痛哭流涕，辞官而去。
那些奸党官员像看耍猴似的议论着、嘻笑着，而正直官吏们则对郑继芳等人的倒行逆施无比愤慨。
在这黑白不分、曲直莫辨的情况下，吏部却即刻行文，责怪王元翰擅离职守，予以责难。当时的朝廷内外把这件事传为笑谈。
本来，被称为“东林党”的正直官吏们大都被驱逐出朝，只有少数官员们艰难地存留下来。