在变小后他只把真相告诉了阿笠博士和他的父母，神代伊生完全是意外，对方知道真相后更是直白地表示了对他所服下的药物的研究兴趣，这种意识到自己要被研究的感觉也是让柯南心中不自在的原因。
不过神代伊生在得知他是工藤新一后做的一系列事情都表现出对他的尊重，不仅保守了他的秘密，还在当晚找来了阿笠博士，这些举动都换取了柯南的部分信任，加上柯南确实很想变回工藤新一的身份，最终还是同意了配合神代伊生研究，进行了详细的身体检查。
当然是在阿笠博士共同参与的情况下。
柯南盯着阿笠博士不禁发问：“说起来博士你为什么那么相信他啊？！”
“因为我和神代医生在四五年前就认识了。”阿笠博士回忆着讲述道：“虽然我们不常联络，但他一直资助着我的发明，可惜他委托我发明的东西一直没有什么进展。”
阿笠博士深深叹了口气，脸上似乎还有些愧疚。
“他想要什么东西？”柯南产生了好奇，同时在脑海中浮现各种猜测：医疗仪器、实验设备、新型假肢等等。
“是穿越时空的机器啦。”阿笠博士随口回道，打断了柯南脑中的猜想。
“诶？！”意想不到的答案令柯南大吃一惊。
“我当时也很惊讶呢。”阿笠博士一脸追忆感慨道：“一般人还只把穿越时空当作科幻小说内容来看，神代医生已经想要发明出具体的机器了。”
柯南摸了摸鼻子，倒没觉得神代伊生在异想天开，毕竟发明都是从幻想上建构的，就像以前的人们想要飞天入海，才造出了飞机潜艇之类的科技。
不过专业领域在生物医学方面的神代伊生竟然会资助阿笠博士研发穿越时空的机器，这可真是令人想不到，就像是两个不搭边的东西竟然产生了交集一样。
难道说神代伊生是个重度科幻爱好者吗？
“博士你有什么成果了吗？”柯南兴奋地询问道，穿越时空这种事情他怎么可能不感兴趣。
“我还没有厉害到一个人就能发明出时空机器。”阿笠博士摇头：“当初我是想直接拒绝的，还是医生坚持让我尝试发明的。”
“只是这么些年来我还是没能研发出更进一步的成果。”阿笠博士失落叹气。
柯南也没太失望，阿笠博士要是真研究出了一二来，不至于他这些年都没听到阿笠博士提起过。
“为什么医生他会找上博士你来发明这种机器啊？”虽然阿笠博士的确是个出色的发明家，但像是时空机器这种程度的发明研究不应该去找更大型研究团体吗，而非阿笠博士这种独立发明家。
“因为医生说我是这个世界上最有可能发明出时空机器的人啊！”阿笠博士自豪说道。
“哈？”柯南露出半月眼：“那只是客套的吹捧话吧。”
阿笠博士摸着后脑勺尴尬地笑了笑，试图挽回几分：“我还是有几分本事的，不然神代医生也不会找上我，而且不单是时空机器，我还在他的建议下发明了极速充气垫、危险品检测门，那些可是很受欢迎很有用的。”
“不过好像这一年多来医生都没再问过我最新的研究进展了……”阿笠博士抵着下巴思索着。
估计是因为神代伊生已经对你的研究不抱期待了吧。柯南在心里吐槽道。
“话说你们通常是用电话联系的吗？”柯南随口问道：“之前我完全不知道博士你和医生认识。”
他从小到大都是阿笠博士的邻居，而且从工藤宅那很容易观察到阿笠博士家的情况，如果他曾经看到过神代伊生上门找阿笠博士，必然会对他有印象的才是。
“是啊，神代医生他本人很忙，所以我们都是电话或网络上联系。”阿笠博士忽然想到了什么，神情昂扬着说道：“其实要是你们之前就见过面的话，神代医生应该会在见到柯南时就认出了你是新一了吧。”
“诶？”柯南不解：“为什么？”
“是嗅觉啊！”阿笠博士竖起一根手指指着自己的鼻子：“你忘记了神代医生那如同猎犬般的嗅觉了吗？”
“啊！”柯南想起来了神代伊生的这个能力：“是因为我从没有亲眼见过啊。”
关于神代伊生的嗅觉，他只是听说了对方在马路上察觉到前车后备箱有尸体的事情，但对神代伊生这种能力到底厉害到什么程度还没有切确的体会。
“不过就算神代医生判断出柯南和工藤新一在气味上一样，也不会直接得出两人是同一人的结论吧？”柯南迟疑了一下：“唔，加上推理到可能。”
他记忆中神代伊生的推理水平还不错，在咖啡馆的那次很快就指出了犯人，作为神代伊生侄子的金木零似乎更胜一筹，尸体诡计和外交官事件都是他解决的，后一个事件他只从毛利小五郎口中知道了大致过程，在满天堂游戏发布会上才向金木零追问出了更多细节，柯南自问他或许都会被那种当着侦探面杀人伪装成心理密室的手法所蒙骗，因此柯南更加佩服金木零敏锐的观察力。
“说起推理……”阿笠博士不由担心道：“不会有人推理出新一你的真实身份吧？”
柯南双手插兜，脑海中快速闪过毛利小五郎、毛利兰、目暮警官、铃木园子等人的脸，然后一副不以为然的样子说道：“怎么可能。”
推理要有证据支撑，高中生变成了一个小学生这种事谁会轻易相信，况且他周围那些人都不擅长推理。
但是在不久后的福尔摩斯迷聚会上，柯南就被打脸了。
看着作势要喊来毛利兰的大阪高中生，柯南一瞬间仿佛情景再现，连忙叫住对方，承认了工藤新一的身份，坦白了他从工藤新一变成江户川柯南的真相。
同为高中生侦探的服部平次很容易就接受了柯南被喂药变小待在毛利小五郎身边调查犯罪组织的事情，甚至给予了柯南充分信任，承诺了要是得到有关黑衣组织的消息会告知他，同时答应对他的真实身份保密。