入手的功夫完成以后，就到了正式修炼阶段，李西月把它分成了先天和后天两大阶段，其中涉及了一系列比较重要的概念，如先天、后天以及结丹、还丹等。这两对概念，实际上包括了整个内丹修炼的过程，李西月总结得非常透彻，讲得也非常详细，对于内丹学来说可谓是贡献大大滴，下面就展开讲一讲。
在《涵虚密旨》中，李西月首先把道分为了后天和先天两大层次，二者是以筑基为界，因为筑基以后实际上就完成了后天转先天的过程，此时的肉身已经达到了初生胎儿的层次，这些和前面讲到过的内容一致。结丹和还丹，同样可以和前面讲过的一些概念对应上，按李西月的说法，结丹就是玉液还丹，还丹就是金液还丹。
在后天和先天的划分基础上，李西月的丹法又进一步细分为三乘，每一乘的功法有高低级之别，决定了将来成仙的档次是不同的。
初乘：即结丹，专业点说就是去癸取壬，以玉液培养而成丹，又称玉液还丹，是后天中返先天的尽性上的功夫，修圆满后就可以成就人仙。
上乘：即还丹，也称七返还丹，用后天返先天时种出先天来，这就是立丹母的过程，也是立命的功夫，圆满后成就的是地仙。
大乘：即九转大还丹，是寻先天中的先天为药，以火炼化成白液，吞归腹内凝成至坚金丹，这就是金液还丹的过程，就是性命双修，成就天仙的无上功夫。
下面再稍稍展开一些。
首先是结丹，用李西月的话就是“我家种”，是在先天鼎中同类阴阳相合，或者说铅汞相拘，所成就是戊土，也就是外铅，显然李西月的结丹讲的是后天功夫。
《道窍谈》中把结丹分成了后天和后天中之先天两层，后来又分成了九层，后面会讲到。
第一层后天就是开关展窍，打通河车之路，所以这一层就是完成了开关和筑基。这里需要说明，张三丰也到过开关展窍，但是他的开关展窍属于小三候中的中候功夫，当然也是在筑基前完成的。而孙教鸾同样讲过开关展窍，但是他必须要用鼎器，实际上就是需要男女阴阳双修。
第二层后天中之先天，就是凝视调息，静候动机，然后运转河车采药炼药，封入黄庭，这就是玉液炼己，所以这一层得药炼己后，最终完成结丹。
筑基就是养己，功夫是在情境上，是炼己的基础，炼己就是忘情、了性，所以说性是天命，命要尽性，再往下说又是老一套的性命关系了。而李西月对孟子的很多观点非常赞同，结合理学的思想发展了逆修的理论以及性命学说。
同时，他对大家总挂在嘴边的佛修性、仙修命，儒家治世的说法表示非常不赞同，原因是这些人没有真正了解三教，也可以说只是肤浅的认识。因为佛教重性功?是欲人从性而立命；仙重命功?是欲人即命而了性；儒家以“担荷世法为切”，?亦不离“性命双修”。即是说?无论三家的偏重点有何不同，性命双修的根本是一致的。
“行深般若，?五蕴皆空，?丹熟大还，?十年面壁，?六十耳顺，?七十从心，?夫而后性命双了，?同登空超之境，?而仙、佛、圣皆成也。”所以说三教实际上都是从心性上下了大功夫，修到极致就会发现殊途同归罢了。只不过入手点不同，学了三脚猫的功夫以后，自以为什么都懂了，便相互各种不服，殊不知，在大能面前就像三岁顽童一般，用李西月的话说就是：“不思其本，而谈其末”。
其次是还丹，李西月称为“他家来”，和结丹的“我家种”相应，这显然就是先天功夫了。不过李西月的还丹研究起来比较有难度，这个别人家是清静派的性命双修，还是阴阳派的男女双修，还是身外太虚等等，理解不同，得到的结论就不同了。
《道窍谈》把先天分为先天和先天中之先天两层。
接着上面后天的两层功夫排下来，先天是第三层，这一层是完成了清静功夫，把女鼎处得来的先天之气入室炼成外药，也称外丹。
第四层先天中之先天，因为此时铅中产阳，采的是真阳，炼的是己身的精气，所以称为还丹。此时就是慢慢温养，小心培育，最终炼成金液吞归入五内，结成圣胎，所以又叫金液还丹。
金液还丹以后，结的圣胎又叫胎婴，可以理解为修真小说里的元婴，这是纯阳的，也可以叫阳丹。
后天玉液炼己炼性，就是取坎填离，是无为功夫，先天金液还丹炼命，还是取坎填离，以有生无，以我求彼。有关玉液还丹，道友们可以从《钟吕传道集》里回顾一下，金液还丹可以看看《灵宝毕法》，这里就不详细讲了。
不过，后天结丹用的是我家种，用自家鼎和彼家鼎的隔体神交的双修功夫，到先天还丹时就要用他家来，同样要用自家鼎和彼家鼎，不过却是体交神不交的双修功夫。这么讲是要道友们清楚，两层功夫还是有着质的不同的，后天结丹是清修，先天还丹则是阴阳双修，更直接一点说就是后天阶段不需要男女精神上的双修，而先天阶段则是需要男女肉身上的双修。
这里还涉及了西派丹法的一大特点，和东派只在采药时一次用鼎不同，西派是多次用鼎的，炼性时用鼎，炼命时也用鼎，开关展窍、转河车、小周天、大筑基等等是反复用鼎的。
还有一点需要说明的是，很多学者并不认为李西月的西派是阴阳双修派，而是清修派，而且人数并不少，或许只看到了后天的功夫，却忽略了先天阶段的功夫。
说到不同，西派在河车上也有所发展，陆西星在《玄肤论》中就结合河车的功夫讲任督二脉，内丹修炼的河车之路基本上就是任督二脉，气从肾起沿尾闾上冲，经夹脊、风府到泥丸。神与气在这里相会，以神炼气生出津液沿重楼向下到绛宫，到下丹田后接着下一循环。而李西月的河车类型有了细分，功效也有所不同，在《道窍谈》中他说，凝神调息，气机生动后就要起河车炼药，此时要从督脉入，逆天谷返中宫，不同阶段的河车不同，可以分成三种河车，分别是：
运气即小周天子午运火；
运精即玉液河车运水温养；
精气兼运即大周天运先天金汞，七返九还金液大丹。
虽然这样细分，不过河车的本质是一致的，而且都是在任督二脉中转，没有凭空跑到虚空中。
西派还有两个最重要的不会写在纸面上的秘传法诀，历代都是口口相传的，一是两孔穴法，二是玄关一窍。玄关一窍下一章讲九层炼心第三层时再讲，这里先讲一下两孔穴法。
以前一直在说“真传一句话，假传万卷书”，很多人也都有这个认识，看了多少书都学不到真功夫，为什么呢？古人重门户传承，宁可把手艺带进棺材也不外传，如果是一个门派的秘笈，如果传出去会成就对手，类似这种观念千百年来也没什么大变化，失传的东西早就数不过来了。
正如西派传人汪东亭所说：“抛下丹书做工夫，不拘长短，依一刻有一刻的好处”，就是对那些流传的丹经全是表面文章，没有秘要真诀的无奈，看这些书不但没用，甚至还会受害，不如自己专心做功夫，少浪费点时间为好。其实张伯端也说过类似的话，没有至人口授秘诀，那是不可能学到真功夫的。
当然，这种现象逐渐有所改变，比如徐颂尧曾说过，师傅不让我们读丹书，实际上是不让我们什么书都读，好书还是有的，比如《金仙论证》《慧命经》《阴符经》《参同契》《入药镜》《悟真篇》等等，都是可以好好读的良心着作。
又说多了，接着说两孔穴法。
在《道窍谈》中李西月曾简单提到过这个概念，他说：“丹家有一穴，一穴有两窍。空其中，而窍其两端，故称为两孔穴。师所传‘口对口，窍对窍’者，即此境界也。为任督交合之地，阴阳交会之所，乌兔往来之乡。一穴两孔，其中有作为之法，此法最玄玄也。”
其实，两孔穴法就是炼精化气的功夫，这个两孔穴就是“玄牝之门”，是“任督交合之地，阴阳交会之所，乌兔往来之乡”，估计道友们也能猜得出来了，就是女鼎玉门，性器官那个位置。
这一功法就是为了从女鼎中求那一道先天虚无之气，而这正是先天功夫开始的必须条件，而且是男女体交神不交而来，是通过圈外人所诟病的真正意义上的男女相交的方式实现的。所以说，如果不理解两孔穴，自然不会明白西派为什么是阴阳派而非清修派了。
如同前辈们一样，李西月特别重视先天和先天这口气，因为先天是最初最始，为本为元，先天之气甚至早于宇宙、仙佛之前就存在了，天地万物，包括什么仙、佛均是由先天一气所化。
西派的丹法还有很多和其他内丹流派不同的地方，就不一一讲了。有了上面这些概念和基本理论，下一章就看看李西月的九层炼心功夫。