总体来说，伍守阳在内丹理论并不仅仅局限于北宗、南宗，还融合了儒家和佛教，集百家之精华，堪称历代之集大成者。
此外，不得不承认，伍、柳在讲解丹道功夫的时候很有当老师的潜质，不但能够由浅入深，条理、层次非常清晰，而且还能够做到理论联系实践，把那些抽象的内丹功夫讲得更容易理解。前面也提到了，在讲解过程中，伍、柳很少用那些铅汞、姹女之类的术语，也很少说话留一半，还得绕几个弯弯让你糊涂的恶习，多数情况下是把所谓的秘诀直接透露给大家，比如包括北宗的采药、止火、五龙捧圣等，这些都是门内秘传几百年的秘法，伍守阳都跳楼揭秘大放送，讲得非常清晰，更为难得的是还讲得通俗易懂。
在保证严谨的内丹体系同时，伍守阳还多有创新，比如阳光二现、阳光三现、大药初生、过关的秘法等等，对理顺和补全内丹理论体系方面贡献不小，对后世丹道的发展有着深远的影响。除了前面讲到的李西月以及柳华阳以外，还包括刘一明（后面会讲）、傅金铨、赵避尘、黄裳等丹道大家，无论是清修派还是双修派，都深受伍守阳丹法的影响。当然，其中柳华阳是最突出的，他不但继承并发展了伍守阳的丹法，而且又进一步加以完善、细化了很多内容，同时他又增加了不少改变，所以二人在理论、功法、内容及表达方式等方面还是有一些不同的。
那么柳华阳的内丹理论有哪些不同之处呢？
首先是更直观。伍守阳是个好老师，很会讲课，柳华阳在这方面做得更好。
道友们都知道，双方交流时可能讲了半天都说不明白，而有一张图示后就很容易解释清楚了。在当下的印刷技术条件下插图是件极为容易的事情，再配合文字，一目了然，理解肯定是更容易、直观。在古代，别说在书里插图了，就连印字都不是件容易的事，当然到清代，在书里插图实现起来已经不算太难了。柳华阳就在他的书里面增加了一些图，这样讲起丹道理论时就非常直观，这不仅是伍守阳所欠缺的，其他前辈们同样比较欠缺。
比如在《金仙证论》中，伍守阳就画了调药炼精成金丹图和任督二脉图两幅图，在《慧命经》中插图则更多，一共有八幅图，分别是漏尽图、法 轮 六候图、任督二脉图、道胎图、出胎图、化身图、面壁图、虚空粉碎图。后人给予了柳华阳这些插图极高的评价，认为这些图是修真的秘图，是至宝，它们形象、直观地为修道者打开了新的世界，改变了原来那种只能在无形无相的世界苦苦求索的情况。
通过这些插图，修道者可以更容易掌握修行中的各个关键环节，更能够准确地去感悟、把握人体的神、气运行规律，有事半功倍的效果。正是有这八幅重要的插图，使他的理论更容易理解，更多的门人弟子可以达到保全慧命、炼化风火、修成真种、成就舍利的境界。
提到《慧命经》这里多说几句，它记录了柳华阳的重要功法和思想，书尽言小周天之功，重论下手工夫，初关的命功，中关炼气和上关还虚的性功，同时还主要讲仙佛的性命双修，讲了四个重要的修习阶段，就是下手、转手、了手和撒手等功法。原书共十四章，经过多次刻印，后人又增加了一些章节，比如张紫阳八脉经、潜应翁调息、张三丰调息、李涵虚后天串述、九层炼心等，所以现今看到的是20章的版本。
后人说柳华阳的《金仙证论》和《慧命经》这两部着作，是在继承伍守阳的内丹思想的基础上，进一步加以完善，是伍柳仙宗理论体系的重要组成，在道教界的内丹理论发展中占有重要的地位和影响力。别的不说，李西月的九层炼心就和伍守阳的丹道思想一脉相承。柳华阳自己也感觉很满意，特别是《慧命经》，他曾自夸说：“画图立相，开古佛之秘密，泄师祖之元机，洵接引后学之梯筏也。”
经过柳华阳完善以后的伍柳仙宗，最终在内丹界成为主流，使内丹理论的更加完善和成熟，这不仅在道士圈子里得到认可，也受到了国内外学术界的认可，英国那位李约瑟曾经表示说，直到伍、柳以后的中国内丹术才算是真正成熟起来了。
第二个不同是前面讲到过的渐修和顿悟的话题，二人也有所不同。长期以来，大家已经慢慢理解、接受了顿悟，认为顿悟也是需要渐修积累的，那种不需要学习没事就顿悟的妖孽还是太少见了，生而知之的不能说绝对没有，但是百年、千年也不一定出一个。
伍守阳比较羡慕那些能够顿悟的牛人，他把顿修称为最上乘的功夫。对于普通人来说，还是放弃幻想，从炼己筑基、炼精化气、炼气化神、炼神还虚这样一步一步，老老实实地渐修吧。
柳华阳则进一步完善了这一理论，他按照资质根器的不同分了两种人。人的资质各不相同，这是显然的，上根器的人资质好，但是数量很少，他们的修炼也不用走常人的路，是可以直接顿悟的，而中下根器的人就要按照师傅教的功法一步一步渐修升级了。
关于炉鼎、鼎器方面，柳华阳同样有所发展。按他的说法，鼎器是变化的，是随着神气的变化而变化，并非固定一成不变的。比如炼精化气时神是在气中的，神为火，气为炉，这是传统的说法。当神气到达头顶时，鼎就在头部，而炉就是丹田，这是乾坤的变化。当然还有很多变化，随着神气的升降变化，换句话说，没有了神气，也就没有炉鼎，这就是柳华阳对伍守阳理论的完善。
关于危险的总结，柳华阳讲得也比伍守阳更多、更详细，这也是二人的一个区别，在上一章中已经讲到过了，这里不再重复。
除了以上这些不同之处以外，还有一些就不再一一列举了，但是并不影响二者在理论上一脉相承的事实，所以后人把二人的丹道称为伍柳仙宗。
再简单说一说三教合一的话题。
上面讲伍、柳的仙佛合宗，顾名思义是佛道的一种深度的融合，而实际上并不是把儒家排斥在外的。在伍守阳所处的时代，三教合一的声势达到了一个新的高点，前有王阳明的融佛、道入儒，后有佛教的复兴运动，作为弱势一方，以张静虚为代表的高道们同样重视三教合一的推动。在当时的大形势下，道教是不可能，也没有资格排斥佛、儒的，这涉及道教是否能够得到更好的生存发展，争取到更高一些的社会地位的问题，从这方面考虑，为拓宽道教的生存空间，三教合一必然是道教发展的方向。正是在这样一个大环境下，在前辈榜样、表率作用的影响下，伍、柳的仙佛合宗可以说是自然的顺势而为的。
自从佛教传入华夏大地以来，不但在义理方面一直压道教一头，在规模上、信众数量上也远非道教所能比。既然人家影响力大，那么蹭些热度，借一些势来壮大自己并不丢人。伍、柳在解释三教的问题上，吸收了大量禅意、儒学来完善内丹理论，比如儒学是入世的学问，“言性命，其词微”，有“穷理尽性以至于命”，又有“天命之谓性”之类的说法。而佛教呢，他们是为了出世，“言性不言命，言性其词密”，所以有“见性成佛”的说法。皇天无二道，佛、道、儒都在一个皇天之下，最终的追求怎么可能有本质的区别呢？就算有区别的也仅仅表现在过程和形式上面罢了。
虽然说还虚炼性是三教共有的，大家都是研究性命学的，不过伍、柳认为道教“言性必言命，言命必言性”，意味着在层次上道教还是要高于儒、释二教的，在此基础上伍、柳最终构建起来以道为本，融合佛、儒或者说是禅、儒的内丹理论体系。